结论：在上班期间发生交通事故，若事故对方已赔偿误工费，公司是否应扣病假工资需分情况讨论，一般情况下公司不应重复扣除，但具体还需结合公司规章制度、劳动合同及实际情况判断。

分析如下：

1. 交通事故赔偿与病假工资的关系：

   • 交通事故中，对方赔偿的误工费是对您因事故导致无法工作而损失的收入的一种补偿。
   • 病假工资则是公司根据国家法律法规及公司规章制度，在员工因病或非因工负伤需要暂停工作接受治疗时，支付给员工的一种生活保障。

2. 公司是否应扣除病假工资的情况分析：

   • 若公司规章制度或劳动合同中明确规定：在员工因第三方原因（如交通事故）导致无法工作时，公司不支付病假工资或需扣除已获得的第三方赔偿（如误工费）后再支付差额，则公司可能依据此规定扣除。但此类规定需符合国家法律法规的强制性规定，否则无效。根据《劳动法》及相关规定，员工在病假期间应享受病假工资待遇，且该待遇不应低于当地最低工资标准的80%（具体比例可能因地区而异）。
   • 若公司规章制度或劳动合同中无相关规定：或规定与国家法律法规相冲突，则公司无权扣除您的病假工资。因为您因交通事故导致的误工损失已由对方赔偿，但这并不影响您因病假应享有的工资待遇。公司应按照国家法律法规及公司规章制度（若合法）支付您病假期间的工资。

3. 实际操作建议：

   • 查阅公司规章制度及劳动合同：首先，您应仔细查阅公司的规章制度及与您签订的劳动合同，了解其中关于病假工资支付及扣除的相关规定。
   • 与公司沟通协商：若公司规章制度或劳动合同中存在不合理或违法条款，您有权与公司进行沟通协商，要求公司按照国家法律法规支付您病假期间的工资。
   • 寻求法律援助：若公司拒绝支付或扣除您的病假工资，且您认为公司的行为违反了国家法律法规或劳动合同约定，您可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

特殊情况说明：

• 若您因交通事故导致的伤势严重，需要长期治疗且无法工作，此时您可能同时享受工伤保险待遇（若符合工伤认定条件）和交通事故赔偿。在此情况下，您应确保各项待遇和赔偿的合法性和合理性，避免重复享受或遗漏享受相关待遇。

总结：在上班期间发生交通事故并获得对方赔偿的误工费后，公司是否应扣除您的病假工资需根据具体情况判断。建议您先查阅公司规章制度及劳动合同，与公司沟通协商，并在必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。