结论：在车祸中对方全责的情况下，您的误工费赔偿应基于您因事故导致的实际收入减少来计算。具体来说，您平均工资6000元，但因事故请病假后公司只发放了3500元，那么您的误工费赔偿应基于这2500元的差额（6000元-3500元）来考虑，同时还需要结合误工时间来确定最终的赔偿金额。
分析说明：
误工费计算原则：
- 误工费是指因事故导致受害人无法正常工作而减少的收入。
- 计算时应基于受害人的实际收入减少情况，而非仅仅基于其平均工资。
您的具体情况：
- 您平均工资为6000元。
- 因车祸请病假，公司发放了3500元。
- 因此，您的实际收入减少为2500元（6000元 - 3500元）。
误工时间的考虑：
- 误工费不仅与收入减少有关，还与误工时间有关。
- 您需要提供医疗证明或医生建议的休息时间来确定误工时间。
计算公式：
- 误工费 = 实际收入减少 × 误工时间（月/天）× 相应的月/日工资标准（在此情况下，实际收入减少已确定为2500元/月，但需根据具体误工天数调整，若按月计算且误工整月则直接为2500元；若按天计算，则需知道具体月工作日天数来换算日工资）。
- 若按月计算且误工整月：误工费 = 2500元 × 误工月数。
- 若按天计算：假设一个月工作日为21.75天（根据劳动法规定的一般月计薪天数），则日工资 = 2500元 ÷ 21.75天 ≈ 114.94元/天，误工费 = 114.94元/天 × 误工天数。
特殊场景：
- 如果您的病假期间公司发放的3500元中包含了部分非工资性收入（如奖金、补贴等），且这些收入在正常情况下也会随工资一起发放，那么在计算实际收入减少时，应将这些非工资性收入考虑在内，即可能需要更细致地核算实际减少的收入部分。
- 另外，如果误工时间跨越了不同的工资发放周期（如从月中开始误工），则需要根据实际情况调整计算方式，确保准确反映收入减少情况。
后续行动建议：
- 收集并保存好所有与事故、收入、误工时间相关的证据，如医疗证明、工资单、公司证明等。
- 与对方保险公司或责任方进行沟通，提供上述证据，要求按照实际收入减少情况赔偿误工费。
- 如果沟通无果，可以考虑通过法律途径解决，如向法院提起诉讼。
在处理此类问题时，务必确保所有计算和证据都准确无误，以维护您的合法权益。如果您在计算或处理过程中有任何疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。