工程三包（分包单位）在特定情况下是可以起诉总包单位（总承包人）的，以下从不同角度为您详细分析：
一、合同相对性原则下的起诉权
合同关系：如果工程三包（分包单位）与总包单位（总承包人）之间存在直接的合同关系，比如签订了分包合同，那么分包单位在合同履行过程中，如果因总包单位的原因遭受了损失，如总包单位未按照合同约定支付工程款、提供必要的施工条件等，分包单位有权依据合同条款，向总包单位提起诉讼，要求其承担违约责任或赔偿损失。
法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。因此，在合同关系明确的情况下，分包单位起诉总包单位是有法律依据的。
二、实际施工人身份下的起诉权（突破合同相对性）
实际施工人定义：在建设工程领域，实际施工人通常指的是那些没有与总包单位签订直接合同，但实际投入了资金、材料和劳力进行工程施工的单位或个人。在某些情况下，工程三包（分包单位）可能因各种原因（如挂靠、转包等）成为实际施工人。
起诉权行使：根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，实际施工人以转包人、违法分包人为被告起诉的，人民法院应当依法受理。这意味着，即使工程三包（分包单位）与总包单位之间没有直接的合同关系，但作为实际施工人，其仍然有权向总包单位提起诉讼，要求其支付工程款或赔偿损失。不过，这种起诉权的行使通常需要满足一定的条件，如实际施工人已经完成了部分或全部工程施工，且因总包单位的原因无法获得相应的工程款等。
三、起诉时的注意事项
证据收集：无论基于合同关系还是实际施工人身份起诉，工程三包（分包单位）都需要收集充分的证据来支持自己的主张。这些证据可能包括合同文本、施工记录、付款凭证、往来函件等。
法律程序：起诉总包单位需要遵循一定的法律程序，如向有管辖权的人民法院提起诉讼、提交起诉状及相关证据材料、参加庭审等。因此，工程三包（分包单位）在起诉前应了解相关的法律程序和要求，以确保自己的起诉能够顺利进行。
专业咨询：由于建设工程纠纷往往涉及复杂的法律关系和专业知识，工程三包（分包单位）在起诉前最好咨询专业律师的意见，以便更好地维护自己的合法权益。
总结来说，工程三包（分包单位）在特定情况下是可以起诉总包单位（总承包人）的。不过，具体能否起诉以及起诉的胜诉率等，还需要根据具体的合同关系、实际施工情况以及相关法律法规的规定来判断。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。