结论：公司因经营困难仅发放基本工资，在符合法定条件的情况下是合法的，但需满足一系列条件并履行必要程序。以下从多个角度详细分析：

一、合法性前提条件

1. 劳动合同或集体合同约定：

   • 若劳动合同或集体合同中明确约定了“公司经营困难时可调整工资”的条款，那么企业有权按照约定执行。例如，合同中注明“当公司连续两个季度亏损时，可暂停发放绩效奖金”。

2. 协商程序：

   • 根据《劳动合同法》第四条，企业在调整工资等直接涉及劳动者切身利益的重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。未经协商直接降薪可能构成违法。

3. 最低工资标准：

   • 调整后的基本工资不得低于当地最低工资标准。例如，若当地最低工资标准为2320元/月，那么调整后的基本工资至少应达到这一标准。

二、合法操作的关键步骤

1. 提供证据：

   • 企业需提供审计报告、财务报表等证明其确实处于经营困难状态，如连续亏损等。

2. 书面通知与解释：

   • 企业应向员工发送正式通知，说明降薪的原因、期限以及恢复条件。例如：“因公司第三季度亏损500万元，自第四季度起暂停发放绩效奖金，待公司年度净利润转正后次月恢复全额发放。”

3. 保留协商记录：

   • 协商过程中应形成会议纪要，并由员工代表签字确认，以避免后续争议。

三、风险与应对建议

1. 法律风险点：

   • 单方降薪可能被认定为克扣工资，面临补缴差额及25%赔偿金的处罚。
   • 若未及时足额支付劳动报酬，员工有权依据《劳动合同法》第三十八条解除劳动合同并要求经济补偿。

2. 合规操作示例：

   • 某科技公司因疫情亏损，经工会同意后，将月薪结构调整为“基本工资80%（5000元）+ 浮动绩效20%（暂缓发放）”，并明确告知员工恢复全额发放的条件。

四、员工应对策略

1. 核查合同条款：

   • 员工应仔细核查劳动合同中的薪资结构、调薪条件以及公司义务等条款。

2. 要求书面说明：

   • 向公司索要加盖公章的经营困难证明及降薪方案，以保留证据。

3. 法律救济途径：

   • 若认为公司降薪行为违法，员工可以向劳动监察大队投诉（电话12333），或申请劳动仲裁（时效1年）。
   • 若因公司未及时足额支付劳动报酬而被迫离职，员工有权主张经济补偿（N倍月工资）。

总结：公司亏损时降薪需以合同约定为前提，遵循协商程序，并确保基本工资不低于法定标准。员工应主动留存证据，必要时通过法律手段维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。