针对您提出的“员工手册修改后只公示修改是否有效”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

首先，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改直接涉及劳动者切身利益的规章制度，如员工手册时，必须遵循一定的程序性要求。这包括与职工代表大会或者全体职工进行讨论，提出方案和意见，并与工会或者职工代表进行平等协商确定。这一步骤是确保规章制度的制定和修改过程民主、公正的重要环节。

其次，除了程序性要求外，用人单位还需要将修改后的规章制度，包括员工手册，进行公示或告知劳动者。公示或告知的方式可以多种多样，如召开全员大会、张贴告知、邮件群发等，或者将规章制度汇编成员工手册，由员工签字确认已阅读。这些方式都是为了确保劳动者能够充分了解并遵守修改后的规章制度。

现在，针对您提出的问题，如果员工手册修改后只进行了公示修改部分，而没有遵循上述的程序性要求，即未与职工代表大会或全体职工讨论，也未与工会或职工代表进行平等协商确定，那么这样的修改可能并不完全有效。因为程序性要求是确保规章制度制定和修改合法性的重要一环，缺少这一环节，规章制度的修改可能无法得到劳动者的认可和遵守，也可能在法律上存在争议。

另外，即使员工手册修改后进行了公示，但如果公示的方式不够明确、不够广泛，或者劳动者没有实际接收到公示的信息，那么这样的公示也可能无法达到预期的效果。因此，用人单位在公示修改后的规章制度时，需要确保公示的方式明确、广泛，并且能够确保劳动者实际接收到公示的信息。

综上所述，员工手册修改后只公示修改部分并不一定有效。为了确保修改后的员工手册具有法律效力，用人单位需要遵循程序性要求，与职工代表大会或全体职工进行讨论，与工会或职工代表进行平等协商确定，并且进行明确、广泛的公示或告知劳动者。只有这样，才能确保修改后的员工手册得到劳动者的认可和遵守，并且在法律上具有有效性。