员工拿店里钱超过1000元，可能涉及职务侵占或盗窃的违法行为，具体处理方式需根据实际情况判断，以下是详细分析：

1. 定性分析

   • 职务侵占：若员工利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额达到1000元（具体数额标准可能因地区而异，但通常1000元已达到职务侵占罪的立案追诉标准之一，不过实践中还需结合其他情节），则可能构成职务侵占罪。但需注意，职务侵占罪的立案追诉标准通常较高，且需达到“数额较大”的程度，不过即便不构成犯罪，也违反了《劳动合同法》及公司规章制度，公司有权解除劳动合同并要求赔偿。
   • 盗窃：若员工并非利用职务便利，而是秘密窃取店内财物，数额达到1000元，则可能构成盗窃罪。盗窃罪的立案追诉标准因地区而异，但1000元在多数地区已达到或超过立案标准。

2. 处理方式

   • 内部处理：
     • 调查取证：公司应首先进行内部调查，收集相关证据，如监控录像、证人证言、财务记录等，以确定员工的行为性质及数额。
     • 纪律处分：根据调查结果，若员工行为违反公司规章制度，公司可依据规章制度给予相应的纪律处分，如警告、记过、解除劳动合同等。
     • 要求赔偿：公司有权要求员工赔偿因侵占或盗窃行为给公司造成的损失。
   • 法律途径：
     • 报警处理：若员工行为涉嫌犯罪，公司应及时向公安机关报案，由公安机关依法进行侦查、起诉。
     • 民事诉讼：若员工行为不构成犯罪，但给公司造成损失，公司可向法院提起民事诉讼，要求员工赔偿损失。

3. 注意事项

   • 证据收集：公司在处理此类事件时，应注重证据的收集与保存，以确保后续处理的合法性与有效性。
   • 程序合规：公司在解除劳动合同或给予纪律处分时，应遵循相关法律法规及公司规章制度的规定，确保程序合规。
   • 法律咨询：在处理此类复杂事件时，建议公司咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。