员工收回扣超过五万元，属于涉嫌非国家工作人员受贿罪的严重情形，用人单位应当立即采取法律措施，包括但不限于解除劳动合同、向公安机关报案，并积极配合司法机关调查。以下是具体分析：

1. 法律定性
   根据《刑法》第163条，非国家工作人员受贿罪的立案标准为6万元以上（部分地区为3万元，但五万元已远超标准）。若员工利用职务便利索取或非法收受他人财物，为他人谋取利益，且数额超过五万元，可能面临三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；数额巨大的（如超过100万元），可能面临三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。

2. 用人单位的应对措施

   • 内部处理：
     立即启动内部调查，固定证据（如转账记录、聊天记录、证人证言等），并依据《劳动合同法》第39条，以“严重违反用人单位规章制度”或“被依法追究刑事责任”为由解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
     
   • 刑事报案：
     向公安机关经侦部门报案，提交证据材料，推动刑事立案。若员工被刑事拘留或逮捕，用人单位可进一步主张其违约责任（如竞业限制赔偿）。
     
   • 民事追偿：
     若公司因员工受贿遭受损失（如合同差价、商誉损害等），可单独提起民事诉讼，要求员工赔偿实际损失。

3. 实务建议

   • 证据固定：
     优先通过书面形式要求员工说明资金来源，并保留其签字确认的书面材料；若员工拒不配合，可委托律师向第三方（如行贿方）调取证据。
     
   • 合规整改：
     事后需完善内部反贿赂制度（如明确禁止收受礼品、建立举报通道等），避免后续风险。
     
   • 协商空间：
     若员工主动退赃并配合调查，可争取从宽处理（如减轻刑事处罚），但用人单位仍需解除劳动合同以规避用工风险。

特别提醒：若员工为国家工作人员（如国企员工），则可能构成受贿罪，量刑标准更严（3万元即可立案）。如有进一步细节（如行业、资金性质等），可向我补充说明，我会为您细化分析。