针对您提出的“上班吃回扣，公司查出来怎么处理”这一问题，这是一个涉及公司管理、法律法规以及职业道德的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、公司处理流程
收集证据与内部调查：
- 公司一旦发现员工可能存在吃回扣的行为，会立即启动调查程序，收集相关证据，包括但不限于采购合同、销售发票、财务报销凭证、邮件、短信、聊天记录以及银行转账记录等。
- 成立由人力资源、法务和相关业务部门人员组成的调查小组，进行正式的内部调查，与涉事员工进行谈话，告知其调查原因和已掌握的证据，并要求其对相关问题进行解释。
依据公司规定处理：
- 若公司有明确的规章制度对吃回扣行为作出规定，且该规章制度已经过合法制定和公示程序，公司会按照规定对员工进行相应的处罚，如警告、记过、降职、辞退等。
- 同时，公司会要求员工退还所收取的回扣款项，并赔偿公司因此遭受的经济损失。
法律途径：
- 若员工吃回扣行为给公司造成了较大经济损失，或涉嫌犯罪（如非国家工作人员受贿罪），公司会考虑向法院提起民事诉讼或向公安机关报案，追究其法律责任。
二、员工应对建议
积极配合调查：
- 如果您被公司怀疑吃回扣，应积极配合公司的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。
认错态度与改正意愿：
- 如果您确实存在吃回扣的行为，应表现出诚恳的认错态度，并表达改正的意愿。公司可能会根据您的态度和行为，考虑从轻处罚或给予改正的机会。
了解法律后果：
- 吃回扣行为不仅违反公司规定，还可能触犯法律。您应了解相关法律后果，包括可能的民事赔偿和刑事责任。
三、公司预防措施
加强制度建设：
- 公司应明确禁止吃回扣的行为，并将其详细规定于员工手册或相关规章制度中，确保每位员工入职时即被告知并理解相关规定。
开展教育培训：
- 定期开展职业道德和法律法规培训，强化员工的诚信意识和法律意识，明确吃回扣行为的违法性和严重后果。
完善流程与监督：
- 优化采购流程，加强供应商管理，建立严格的审核和监督机制，减少吃回扣的机会和空间。
- 设立有效的举报渠道和奖励机制，鼓励内部举报，及时发现并制止违规行为。
四、持续监督与改进
- 公司应定期对财务状况和业务流程进行审计，确保合规运营并及时发现潜在问题。
- 根据处理过程中发现的问题和不足，不断完善公司制度和流程，提升管理水平，降低吃回扣行为的发生概率。
综上所述，吃回扣行为严重违反公司规定和法律法规，一旦被发现，公司将采取一系列措施进行处理。作为员工，应遵守公司规定和法律法规，保持诚信和职业道德；作为公司，应加强制度建设、教育培训和流程监督，以预防类似事件的再次发生。