自离一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。以下从多个角度对此问题进行详细分析：
一、法律原则与规定
劳动者享有劳动报酬权：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三条和第五十条的规定，劳动者有取得劳动报酬的权利，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。工资是劳动者付出劳动后应得的报酬，除非有合法理由，否则用人单位不得随意克扣。
用人单位的扣款权限受限：
- 用人单位可以代扣劳动者工资的法定情形主要包括个人所得税、社会保险费用、法院判决或裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等。除此之外，用人单位不得随意克扣劳动者工资，包括以自离为由进行扣款。
规章制度需合法有效：
- 如果用人单位想通过制定规章制度的方式来规范员工自离行为并设定相应的经济处罚措施，那么这些规章制度必须内容合法、程序民主且经过公示告知全体员工。否则，这些规章制度将不具备法律效力，用人单位不能依据其进行扣款。
二、具体情况分析
规章制度明确且合法的情况：
- 即使用人单位的规章制度明确规定了员工自离需要扣除一定天数的工资作为违约金或其他费用，并且该规章制度已经过民主程序制定并向员工公示，但在实践中，这种扣款方式仍然可能因违反劳动法的原则性规定而被认定为无效。因为劳动法保护劳动者的劳动报酬权，不允许用人单位以任何形式非法剥夺。
规章制度不明确或违法的情况：
- 如果用人单位没有明确的规章制度规定员工自离需要扣工资，或者规章制度本身存在违法之处（如未经民主程序制定、未向员工公示等），那么用人单位无权擅自扣除员工工资。在这种情况下，劳动者有权要求用人单位足额支付工资。
实际损失赔偿的情况：
- 如果员工的自离行为确实给用人单位造成了实际经济损失（如招聘费用、培训费用、生产延误损失等），用人单位可以要求员工承担相应的赔偿责任。但这种赔偿必须以实际损失为限，且需要提供充分的证据支持。同时，在扣除赔偿金时，用人单位需遵守以下规定：
- 每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
三、法律风险与后果
劳动纠纷风险增加：
- 用人单位擅自扣除员工工资可能引发劳动纠纷，导致劳动仲裁或诉讼。一旦败诉，用人单位不仅需要补发工资，还可能面临支付赔偿金等法律责任。
损害企业声誉：
- 不规范的用工管理会损害企业的社会形象和声誉，影响企业的长期发展。因此，用人单位在处理员工自离问题时，应遵循法律法规，确保双方权益得到妥善保护。
四、建议与行动
对于劳动者：
- 如果劳动者遇到用人单位以自离为由扣除工资的情况，首先应查看公司的规章制度或劳动合同中是否有相关规定。如果没有相关规定或规定违法，劳动者有权拒绝这种扣除，并可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。
对于用人单位：
- 用人单位应制定合法有效的规章制度，并明确员工自离的处理方式和经济处罚措施（如有）。同时，在处理员工自离问题时，应遵循法律法规，确保双方权益得到妥善保护。如果员工的自离行为确实给用人单位造成了实际经济损失，用人单位应通过合法合理的方式要求员工承担赔偿责任。
综上所述，自离一天扣三天工资的做法在大多数情况下是不合法的。劳动者和用人单位在处理此类问题时，都应遵循法律法规，确保双方权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。