在两个分公司都主张与劳动者存在劳动关系的情况下，法院会综合多方面因素来认定实际的劳动关系归属。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
劳动合同签订情况：
- 如果劳动者与其中一个分公司签订了书面劳动合同，且合同内容明确、合法，那么通常情况下，法院会倾向于认定该分公司与劳动者存在劳动关系。
- 若劳动者未与任何分公司签订书面劳动合同，但实际为其中一个分公司提供了劳动，并接受了该分公司的管理，那么法院可能会根据实际履行情况来认定劳动关系。
工资支付与社保缴纳情况：
- 工资支付记录是认定劳动关系的重要证据之一。如果劳动者长期、稳定地从一个分公司领取工资，且该分公司为其缴纳了社会保险，那么法院很可能会认定该分公司与劳动者存在劳动关系。
- 若工资支付和社保缴纳情况存在交叉或不明确，法院可能会结合其他证据进行综合判断。
工作安排与考勤管理：
- 如果劳动者的工作安排、考勤管理均由一个分公司负责，且该分公司对劳动者的工作表现进行考核，那么这通常也是认定劳动关系的重要依据。
- 若两个分公司都参与了工作安排和考勤管理，但存在主次之分，法院可能会根据实际情况来判定主要的管理方为劳动关系的归属方。
实际工作场所与工作内容：
- 劳动者实际的工作场所和从事的工作内容也是法院认定劳动关系时考虑的因素。如果劳动者长期在一个分公司的工作场所工作，且从事的工作内容与该分公司的业务范围相符，那么法院可能会认定该分公司与劳动者存在劳动关系。
其他相关证据：
- 除了上述因素外，法院还可能考虑其他相关证据，如劳动者的工作证、工作服、名片、同事证言等，这些证据可以辅助法院认定劳动关系的归属。
在司法实践中，法院会遵循“谁主张，谁举证”的原则。即，如果两个分公司都主张与劳动者存在劳动关系，那么它们都需要提供相应的证据来支持自己的主张。法院会根据双方提供的证据，结合上述因素进行综合判断，从而确定实际的劳动关系归属。
若您遇到此类纠纷，建议您：
- 收集并保存好与劳动关系相关的所有证据，如劳动合同、工资支付记录、社保缴纳记录、工作安排与考勤记录等。
- 在诉讼过程中，积极配合法院的调查和审理工作，如实陈述事实，提供证据。
- 如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
如果您有任何关于劳动纠纷的法律问题，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况，提供专业的法律建议。