若两个分公司都认定与劳动者存在劳动关系，主要依据《中华人民共和国劳动合同法》及相关司法解释来处理，具体分析如下：

一、法律依据与主体资格

1. 《中华人民共和国劳动合同法》第七条与实施条例第四条：

   • 明确劳动关系的建立标准为“用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系”。
   • 分公司作为用人单位的分支机构，若依法取得营业执照或者登记证书，可以作为用人单位与劳动者订立劳动合同，独立承担用工责任。
   • 若分公司未依法取得营业执照或者登记证书，则需受总公司委托与劳动者订立劳动合同，但实践中仍可能认定分公司为实际用工方。

2. 《关于确立劳动关系有关事项的通知》（劳社部发〔2005〕12号）第一条：

   • 提出判断劳动关系的三要素：双方主体适格、劳动者接受用人单位管理并遵守规章制度、劳动者从事用人单位安排的有报酬劳动。
   • 即使分公司无独立法人资格，只要满足上述条件，仍可认定劳动关系成立。

二、具体情形分析

1. 分公司具有独立用工主体资格的情形：

   • 条件：分公司已依法取得营业执照或登记证书。
   • 后果：可独立签订劳动合同，承担工资支付、社保缴纳等义务。发生争议时，员工可直接以分公司为被申请人申请劳动仲裁。
   • 示例：某科技公司北京分公司持有营业执照，招聘员工李某并签订合同，后因欠薪纠纷，李某以分公司为被申请人提起仲裁，最终获支持。

2. 分公司无独立用工主体资格的情形：

   • 条件：分公司未取得营业执照，由总公司直接签订劳动合同或授权分公司代签。
   • 后果：法律责任原则上由总公司承担，但实践中可能将分公司列为共同当事人。
   • 示例：某建筑集团上海分公司未注册，总公司与其员工王某签订合同，因工伤赔偿问题，法院判决总公司承担赔偿责任，同时列分公司为第三人。

3. 混合情形的处理：

   • 若分公司虽无营业执照，但实际履行用工管理职责（如发放工资、日常管理），可能被认定为实际用人单位。
   • 关键证据：工作证、考勤记录、工资条、银行流水等显示分公司名义的材料。

三、争议解决路径

1. 劳动仲裁阶段：

   • 被申请人选择：优先以分公司为被申请人，若其不具备主体资格，则追加总公司为共同被申请人。
   • 管辖地：分公司所在地或劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会均有管辖权。

2. 诉讼阶段：

   • 分公司与总公司可能被列为共同被告，法院将根据用工事实及责任能力划分赔偿责任。
   • 执行保障：若分公司财产不足清偿，可要求总公司承担补充责任。

四、实务建议

1. 合同签订：

   • 优先选择直接与总公司签订合同，或通过书面协议明确分公司与总公司的责任分担，以避免潜在的法律风险。

2. 证据留存：

   • 保存加盖分公司公章的文件、工资支付记录等材料，以证明实际用工关系，这在后续争议解决中至关重要。

3. 法律风险防范：

   • 对于劳动者而言，在入职时应明确用工主体，了解分公司的法律地位及与总公司的关系。
   • 对于公司而言，应规范用工管理，确保分公司的用工行为符合法律法规要求，避免不必要的法律纠纷。

总结来说，若两个分公司都认定与劳动者存在劳动关系，需根据分公司的主体资格、用工事实及责任能力等因素综合判断。在处理此类争议时，建议依据相关法律法规及司法解释，结合具体证据材料，通过劳动仲裁或诉讼等途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。