法院认定两个分公司都存在劳动关系且两个分公司都有营业执照，这一认定本身并不必然错误，但需结合具体案情和法律规定进行综合分析。以下从不同角度为您详细阐述：
一、法律关系的独立性角度
分公司作为用人单位的独立性：
- 根据《中华人民共和国公司法》第十四条，分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。但这并不妨碍分公司作为用人单位与劳动者建立劳动关系。分公司若依法取得营业执照，即具备用工主体资格，可以独立与劳动者签订劳动合同，建立劳动关系。
- 因此，若两个分公司均依法取得营业执照，且均实际与劳动者存在用工关系，法院认定两个分公司都存在劳动关系，是符合法律规定的。
劳动关系的唯一性与多重性：
- 通常情况下，一个劳动者在同一时间段内只能与一个用人单位建立全日制劳动关系。但存在特殊情况，如非全日制用工、兼职等，劳动者可能同时与多个用人单位建立劳动关系。
- 在本案中，若劳动者同时为两个分公司提供劳动，且两个分公司均知情并同意，且劳动者的行为不违反法律法规的强制性规定（如竞业限制等），则法院认定两个分公司都存在劳动关系，也是合理的。
二、证据与事实认定角度
证据的充分性：
- 法院在认定劳动关系时，会依据双方提供的证据，如劳动合同、工资支付记录、工作证、考勤记录等。若两个分公司均能提供充分证据证明与劳动者存在劳动关系，则法院的认定是有事实依据的。
事实的复杂性：
- 实际案情可能复杂多变，如劳动者可能先与一个分公司建立劳动关系，后因工作需要被调至另一个分公司工作，但未及时变更劳动合同或办理相关手续。在此情况下，法院需根据实际情况，结合双方证据，综合判断劳动关系的归属。
三、法律后果与责任承担角度
劳动关系的认定对劳动者的影响：
- 若法院认定两个分公司都存在劳动关系，劳动者可能享有双重劳动权益，如双重工资、双重社会保险等。但这也可能引发一系列法律问题，如竞业限制、保密义务等。
责任承担的主体：
- 尽管分公司不具有法人资格，但其民事责任最终由公司承担。因此，在认定两个分公司都存在劳动关系的情况下，若发生劳动争议或纠纷，公司需承担相应的法律责任。
四、特殊情况下的考量
- 关联关系或混同用工：若两个分公司存在关联关系或混同用工的情况，如使用同一套管理团队、财务系统等，法院在认定劳动关系时可能会更加谨慎，以避免劳动者权益受到损害或用人单位逃避法律责任。
总结与建议：
- 法院认定两个分公司都存在劳动关系且两个分公司都有营业执照，这一认定本身并不必然错误。但具体是否正确，需结合案情、证据以及法律规定进行综合分析。
- 若您面临类似情况，建议收集充分证据，明确劳动关系归属，并咨询专业律师以维护自身合法权益。若您有任何劳动纠纷或公司法务方面的问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律意见和帮助。