结论前置：公司无权因工伤不予认定而扣除员工工资。

详细分析：

1. 工伤认定与工资支付的关系：

   • 工伤认定是劳动保障部门根据相关法律法规，对员工在工作中遭受的伤害是否属于工伤进行的认定。这一认定过程与员工工资的支付无直接关联。
   • 工资是员工因提供劳动而应得的报酬，公司应当按照劳动合同的约定和国家法律法规的规定，按时足额支付员工工资。

2. 公司扣除工资的合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司不得无故扣除员工工资。除非员工存在违反公司规章制度、造成公司损失等特定情形，且扣除工资的数额和方式需符合法律法规的规定。
   • 工伤不予认定并不构成公司扣除员工工资的合法理由。即使工伤认定结果对员工不利，公司也不能因此剥夺员工获得劳动报酬的权利。

3. 员工权益保护：

   • 如果公司因工伤不予认定而扣除员工工资，员工有权向劳动保障部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
   • 员工还可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和维权途径，以便更好地保护自己的利益。

法律建议：

• 如果您遇到公司因工伤不予认定而扣除工资的情况，首先应当与公司进行沟通，明确表达自己的异议和诉求。
• 如果沟通无果，您可以向当地的劳动保障部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付被扣除的工资。
• 在整个过程中，建议您保留好相关证据，如工资条、劳动合同、工伤认定申请书等，以便在需要时提供证明。

可能后果：

• 如果公司被证实存在无故扣除员工工资的行为，可能会面临劳动保障部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
• 同时，公司还可能因违反法律法规而损害其声誉和形象，对公司的长期发展产生不利影响。

总之，公司无权因工伤不予认定而扣除员工工资。如果您遇到此类情况，请勇敢维护自己的合法权益，并及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。