就业协议上的章和实习鉴定表上的章不是一个公司的章，这种情况是可以的。下面我来详细解释一下：

首先，我们要明确就业协议和实习鉴定表的性质和作用。就业协议是毕业生与用人单位之间就就业意向、岗位、待遇等事项达成的书面协议，它主要约束的是毕业生和用人单位之间的权利义务关系。而实习鉴定表则是对实习生在实习期间的表现进行评价和鉴定的表格，它通常由实习单位填写并盖章，作为实习生实习经历的证明。

由于就业协议和实习鉴定表分别代表了不同的法律关系和证明内容，因此它们上面的盖章单位并不需要完全一致。在实际操作中，很多情况下会出现就业协议上的章和实习鉴定表上的章不是同一个公司的情况。比如，有的学生在校期间可能在不同的公司实习，而最终就业的却是另一家公司；或者有的学生先在某家公司实习，后来因为各种原因换到了另一家公司就业。这些情况都是合理的，也是被法律所允许的。

当然，无论是就业协议还是实习鉴定表，上面的盖章都应该是真实有效的，不能存在伪造或冒用的情况。否则，一旦被发现，可能会涉及到法律责任问题。

综上所述，就业协议上的章和实习鉴定表上的章不是一个公司的章是可以的，只要它们分别真实反映了毕业生与用人单位之间的就业意向和实习经历即可。如果你还有其他关于劳动工伤或劳动仲裁方面的问题，欢迎随时向我咨询。