三方协议和实习评价表盖的不是同一个公司的章，在法律上是可以接受的，但需满足一定条件。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法律合规性角度

1. 印章真实性：首先，必须核实两个章的真实性，确保它们都代表合法有效的实体。如果印章是伪造的或无效的，那么整个协议或评价表的法律效力将受到质疑。
2. 内容真实性：除了印章的真实性外，还需要确保三方协议和实习评价表的内容真实反映了实习情况。如果内容存在虚假或误导性信息，即使印章真实，也可能导致法律责任。
3. 法规遵循：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方应自愿、平等、公平地签订协议。只要三方协议和实习评价表的签订过程符合这些原则，且内容合法，那么印章的不一致并不会影响其法律效力。

二、实际操作角度

1. 学校与实习单位要求：在实际操作中，需要了解学校和实习单位对印章的具体要求。有些学校或单位可能要求三方协议和实习评价表必须盖同一个公司的章，以简化管理流程或确保一致性。在这种情况下，如果印章不一致，可能会遇到一些麻烦或需要额外的解释和说明。
2. 沟通与协调：如果发现三方协议和实习评价表的印章不一致，建议及时与学校和实习单位进行沟通，了解差异的原因及影响。通过积极的沟通，可以找到合适的解决方案，避免不必要的纠纷。

三、潜在风险与应对措施

1. 协议无效风险：如果印章的不一致导致协议被认定为无效，那么将可能面临一系列的法律后果，如无法证明实习经历、影响毕业或就业等。为了避免这种风险，建议在签订协议前仔细核对印章信息，并确保其真实有效。
2. 欺诈行为风险：如果印章的不一致被用于欺诈目的，如伪造实习经历或评价，那么将可能面临更严重的法律责任。因此，必须确保所有文件的签订和盖章过程都是合法、真实和透明的。

建议：在签订三方协议和实习评价表时，务必仔细核对印章信息，确保其真实有效。如果发现印章不一致的情况，及时与学校和实习单位进行沟通，了解差异的原因及影响，并寻求合适的解决方案。如果有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。