实习证明和三方协议分别由不同公司盖章，在法律上通常是可行的，但具体是否可行需结合实际情况及目的来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 实习证明的盖章公司：

   • 实习证明通常是由实习生实际实习的单位出具并盖章，以证明实习生在该单位进行了实习活动。因此，实习证明上的盖章公司应当是实习生实际实习的单位。

2. 三方协议的盖章公司：

   • 三方协议，即毕业生、用人单位和学校三方签订的就业协议书，是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的权利和义务的书面表现形式。
   • 三方协议上的盖章公司通常是毕业生即将入职的用人单位。这个单位可能与实习单位相同，也可能不同。

3. 不同公司盖章的合法性及影响：

   • 合法性：从法律角度来看，实习证明和三方协议分别由不同公司盖章并不违反法律规定。实习证明关注的是实习经历的真实性，而三方协议关注的是毕业生的就业意向和用人单位的接收意向。两者在法律上并无直接关联，因此可以由不同公司盖章。
   • 影响：然而，在实际操作中，如果实习单位和三方协议上的用人单位不同，可能会对毕业生的就业产生一定影响。例如，一些用人单位可能更倾向于招聘有本单位实习经历的毕业生，或者对实习经历与就业意向不一致的情况持谨慎态度。此外，如果实习单位与三方协议上的用人单位存在某种关联（如母子公司、关联公司等），则可能不会对毕业生的就业产生太大影响。

4. 建议：

   • 对于毕业生而言，在签订三方协议前，应充分了解用人单位的情况和要求，确保自己的实习经历与就业意向相匹配。
   • 如果实习单位与三方协议上的用人单位不同，且毕业生希望利用实习经历增加就业竞争力，可以在简历中明确说明实习经历与就业意向的关系，或者提供其他相关证明材料来支持自己的就业申请。
   • 在任何情况下，毕业生都应确保实习证明和三方协议的真实性和合法性，避免因虚假信息而给自己带来不必要的法律风险。

总结来说，实习证明和三方协议分别由不同公司盖章在法律上通常是可行的，但具体是否可行需结合实际情况及目的来判断。毕业生在签订相关协议前应充分了解用人单位的要求和情况，确保自己的权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。