针对您提出的“单位申请的工伤与事实不符，掩盖第三方侵权的事实该怎么办”这一问题，我的结论是：您应当及时采取措施纠正单位的错误申请，并依法维护自己的合法权益。以下是从不同角度为您详细分析的建议：
一、了解工伤认定流程与单位责任
首先，您需要明确工伤认定的基本流程。根据《工伤保险条例》及相关规定，工伤认定通常由用人单位在事故伤害发生之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出申请。如果单位未按时提出申请，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日起1年内，也可以直接提出申请。
单位责任：单位在申请工伤认定时，有义务如实提供事故伤害的相关情况，包括事故发生的时间、地点、原因以及伤害程度等。如果单位故意隐瞒或歪曲事实，特别是掩盖第三方侵权的事实，这不仅违反了法律规定，也可能损害您的合法权益。
二、纠正单位错误申请的途径
与单位沟通：
- 您首先可以尝试与单位进行沟通，说明实际情况，要求单位更正工伤认定申请中的错误信息。
- 如果单位拒绝更正或态度消极，您可以考虑采取进一步措施。
向社会保险行政部门提出异议：
- 如果您发现单位提交的工伤认定申请与事实不符，您可以及时向统筹地区的社会保险行政部门提出异议。
- 提交异议时，您需要提供相关证据材料，如事故现场照片、证人证言、医疗记录等，以证明单位申请中的错误。
申请行政复议或提起行政诉讼：
- 如果社会保险行政部门在受理工伤认定申请后，作出了与事实不符的认定决定，您可以在收到认定决定之日起60日内申请行政复议，或者在6个月内直接提起行政诉讼。
- 在行政复议或行政诉讼过程中，您需要充分准备证据材料，以证明单位申请中的错误以及您的实际伤害情况。
三、维护第三方侵权权益
如果工伤事故确实涉及第三方侵权，您在纠正单位错误申请的同时，还可以考虑以下措施来维护自己的权益：
向侵权方主张赔偿：
- 根据《民法典》等相关法律规定，因第三人的侵权行为造成工伤的，您有权向侵权方主张民事赔偿。
- 您可以与侵权方进行协商，要求其承担赔偿责任；如果协商不成，您可以向人民法院提起民事诉讼。
注意赔偿项目的区分：
- 在主张赔偿时，您需要注意区分工伤保险待遇和民事赔偿项目的不同。根据相关法律规定，有些赔偿项目（如医疗费、护理费等）可能不能重复获得赔偿。
- 因此，在主张赔偿时，您需要仔细核对赔偿项目，确保自己的权益得到充分保障。
四、法律建议与风险提示
及时收集证据：
- 在处理此类纠纷时，证据是关键。您需要尽快收集并保存与事故伤害相关的所有证据材料，如事故现场照片、证人证言、医疗记录等。
咨询专业律师：
- 由于工伤认定和赔偿涉及复杂的法律问题，我建议您在处理过程中咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议，帮助您更好地维护自己的权益。不过，既然您已经向我咨询，我会尽我所能为您提供帮助。
注意时效问题：
- 在处理工伤认定和赔偿纠纷时，您需要注意相关时效问题。如前所述，工伤认定申请的时效为事故伤害发生之日起1年内；行政复议的时效为收到认定决定之日起60日内；行政诉讼的时效为6个月内。因此，您需要确保在规定的时间内采取相应措施。
总之，面对单位申请的工伤与事实不符、掩盖第三方侵权的事实的情况，您应当及时采取措施纠正单位的错误申请，并依法维护自己的合法权益。如果您在处理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。