关于“公司与员工发生纠纷三天旷工是否生效”的问题，结论是：这并非一个简单的“生效”与否的问题，而是需要结合公司规章制度、劳动合同以及旷工的具体情况来综合判断。以下从几个角度进行详细分析：
公司规章制度的角度：
- 如果公司规章制度中明确规定了旷工达到一定天数（如三天）即视为严重违反公司规章制度，公司有权解除劳动合同，并且该规章制度已经过民主程序制定、公示或告知员工，那么在这种情况下，员工三天旷工可能构成公司解除劳动合同的合法依据。
- 反之，如果公司规章制度中没有相关规定，或者规定不明确，或者规章制度未经民主程序制定、未公示或告知员工，那么公司仅凭员工三天旷工就解除劳动合同可能缺乏合法依据。
劳动合同的角度：
- 劳动合同是公司与员工之间约定双方权利和义务的法律文件。如果劳动合同中明确约定了旷工达到一定天数即视为违约，公司有权解除劳动合同，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么员工三天旷工可能构成违约，公司有权依据劳动合同解除劳动关系。
- 如果劳动合同中没有相关约定，或者约定不明确，那么公司需要依据公司规章制度或法律法规来处理旷工问题。
旷工具体情况的角度：
- 旷工的具体情况，如旷工的原因、是否经过公司批准、是否对公司造成损失等，也可能影响公司对旷工行为的处理。例如，如果员工因不可抗力原因（如突发疾病、自然灾害等）无法按时到岗，并且及时向公司说明了情况，那么公司可能不宜直接以旷工为由解除劳动合同。
- 另外，如果员工旷工期间公司未采取任何措施（如通知员工返岗、发出警告等），而是直接解除劳动合同，也可能引发劳动争议。
法律建议：
- 对于公司而言，在处理旷工问题时，应首先查阅公司规章制度和劳动合同中的相关规定，确保处理依据的合法性和合理性。同时，应保留好相关证据（如考勤记录、通知员工返岗的记录等），以便在劳动争议中证明自己的主张。
- 对于员工而言，如果因旷工问题被公司处理，应首先了解公司规章制度和劳动合同中的相关规定，判断公司的处理是否合法合理。如果认为公司的处理存在违法或不合理之处，可以依法向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果公司依据合法有效的规章制度或劳动合同解除与员工的劳动合同，且处理程序合法，那么员工可能面临失业的风险，并且可能无法获得经济补偿或赔偿。
- 如果公司解除劳动合同的行为被认定为违法或不合理，那么员工可能有权要求公司继续履行劳动合同、支付经济补偿或赔偿等。
总之，公司与员工之间因旷工问题引发的纠纷需要综合考虑多个因素来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。