关于“公司旷工三天合法吗”这一问题，实际上涉及了两个层面：一是旷工三天本身的行为是否合法，二是公司对于旷工三天的处理方式（如扣工资、辞退等）是否合法。以下是对这两个层面的详细解答：

一、旷工三天本身的行为

旷工三天本身是一种违反劳动纪律的行为，通常不被视为合法。劳动者应当按照劳动合同的约定和公司规章制度的要求，按时出勤并提供劳动。旷工三天无疑是对这一义务的严重违反，公司有权对此进行管理和惩戒。

二、公司对于旷工三天的处理方式

1. 扣工资：

   • 结论：若公司规章制度明确、合法且经过公示或员工同意，并遵循法律规定扣除限额，则扣工资可能合法；否则，直接扣三天工资通常是不合法的。
   • 详细分析：根据《工资支付暂行规定》第十六条，公司因劳动者旷工而扣除工资时，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。因此，如果公司规章制度中规定了旷工扣三天工资，且该制度合法有效，但在实际操作中未遵循上述法律规定，那么这种扣除方式就是不合法的。

2. 辞退：

   • 结论：若公司规章制度明确规定旷工三天属于严重违反公司制度，且该规章制度制定程序合法、内容合法、已向劳动者公示或告知，那么公司依据此制度辞退旷工三天的员工是合法的。
   • 详细分析：公司在制定规章制度时，应确保其内容合法、合理，并经过民主程序制定和公示。如果规章制度中明确规定了旷工三天属于严重违反公司制度，且该规定合法有效，那么公司在员工旷工三天后依据此规定进行辞退，就属于合法解除劳动合同，无需支付经济补偿。反之，如果公司没有相关规章制度，或者规章制度制定程序不合法，那么即便员工旷工三天，公司直接辞退也可能构成违法解除。

综上所述，旷工三天本身是不合法的行为，但公司对于旷工三天的处理方式（如扣工资、辞退等）是否合法，则取决于公司规章制度的合法性、合理性以及具体执行情况。因此，建议公司在制定相关规章制度时，务必遵循法律规定和民主程序，确保规章制度的合法性、合理性和公示性。同时，在处理员工旷工问题时，也应严格按照规章制度和法定程序进行操作，以避免法律风险。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。