结论前置：
- 通常情况下，公司旷工一天扣三天工资的做法是不合法的。它违反了《劳动法》及相关法规中关于不得无故克扣或拖欠劳动者工资的规定。
- 但在特定情况下，如果公司规章制度或劳动合同中有明确且合理的规定，并经过了合法的程序制定和公示，且扣罚方式未超出合理范围，那么这种做法可能具有一定的合法性基础，但实践中仍需谨慎判断。不过，从大多数案例和法理角度来看，直接扣三天工资往往被视为不合理。
详细分析：
一、法律依据与劳动者权益
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是保护劳动者劳动报酬权益的基本法律框架。
- 旷工一天，劳动者仅当天未提供劳动，因此用人单位最多只能不支付当天的工资。扣除三天工资的做法超出了合理范围，侵害了劳动者获取劳动报酬的权益。
二、企业规章制度的合法性
- 企业有权根据自身情况制定管理制度或劳动合同来约定旷工的处理办法，但这些规定必须合法、合理，且不违反劳动法的原则和精神。
- 如果企业的规章制度或劳动合同中明确规定了旷工一天将扣3天工资，并且这一规定经过了合法的程序制定（如与工会或职工代表平等协商确定）和公示，从形式上看似乎具有合法性。然而，这并不意味着所有类似的扣罚方式都是合理的。司法实践中，过度惩罚的条款可能被视为无效。
三、经济损失与赔偿
- 如果劳动者旷工的行为给用人单位造成了实际经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿损失。但这种赔偿应当基于实际损失的合理计算，并提供相应的证据支持。
- 扣除工资作为赔偿时，应遵循《工资支付暂行规定》第十六条的规定，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。旷工一天并不直接等同于造成经济损失，因此直接扣三天工资缺乏法律依据。
四、合法合理的处理方式
- 对于劳动者的旷工行为，用人单位应当依据公司的规章制度或劳动合同约定进行处理。处理方式可以包括给予警告、记过、扣减绩效考核分数、扣减奖金等，但这些处理方式都应当在合法、合理、公正的范围内进行。
- 企业应综合考虑员工旷工的原因、情节严重程度以及对企业造成的实际影响，采取合理、适度的扣罚措施。避免过度惩罚，以维护劳动关系的和谐稳定。
五、劳动者的维权途径
- 如果劳动者认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以与用人单位协商解决。
- 协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，还可以依法提起诉讼。
综合建议：
- 作为用人单位，在制定规章制度时，应确保其内容符合法律法规的要求，避免过度惩罚员工。规章制度应经过民主程序制定，并向劳动者明确公示告知，以确保其合法性和有效性。
- 作为劳动者，在遇到类似纠纷时，应了解自己的权益并采取适当的法律措施来维权。如果认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以积极与用人单位协商或寻求法律援助。
示例说明：
假设某公司员工小张旷工一天，公司按照规章制度扣除了小张三天的工资。小张认为这种做法不合法，向劳动监察部门投诉。劳动监察部门在调查后认为，公司扣除三天工资的做法缺乏法律依据，且超出了合理范围，因此责令公司改正并补发小张被扣除的工资。这个例子说明了旷工一天扣三天工资的做法在法律上通常是不被认可的。
计算公式（如涉及赔偿扣除）：
若需计算因旷工给用人单位造成经济损失的赔偿扣除部分，可参考以下公式（但需注意，这并不适用于直接扣三天工资的情况）：
赔偿扣除部分 = 实际经济损失 × 合理赔偿比例（通常不超过月工资的20%）
最终结论：
公司旷工一天扣三天工资的做法在法律上通常是不合法的。用人单位在处理员工旷工问题时，应遵循合法、合理、公正的原则，并尊重劳动者的合法权益。劳动者在遇到类似纠纷时，应积极维权，保护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。