结论：申请加班相关的劳动仲裁一般不会影响你辞工（即辞职），但在处理过程中需注意相关法律程序和权益保护。以下从多个角度为你详细分析：

一、申请加班劳动仲裁与辞职的关系

1. 法律独立性：申请加班劳动仲裁和辞职是两个独立的法律行为。申请加班劳动仲裁是为了解决因加班工资、加班时间等引发的劳动争议，而辞职则是劳动者根据个人意愿或法律规定，提前通知用人单位解除劳动合同的行为。两者在法律上并不相互制约或影响。

2. 辞职权利：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动者有权提前通知用人单位解除劳动合同。在试用期内，劳动者需提前三日通知；在非试用期内，则需提前三十日以书面形式通知。这一权利并不因你是否正在申请劳动仲裁而受到限制。

二、申请加班劳动仲裁期间辞职的注意事项

1. 继续履行仲裁程序：如果你在申请加班劳动仲裁期间决定辞职，你仍然需要继续履行仲裁程序，包括参加仲裁庭的开庭、提供证据等。辞职并不影响你作为仲裁申请人的身份和权利。

2. 辞职通知与仲裁申请的关系：在辞职通知中，你可以明确说明辞职的原因，但无需将申请仲裁作为辞职的理由。同时，你应确保辞职通知符合法律规定的期限和形式要求，以避免因辞职程序不当而引发新的劳动争议。

3. 经济补偿与赔偿：如果你因用人单位的违法行为（如未支付加班工资）而申请仲裁，并在仲裁期间辞职，你仍有权根据仲裁结果要求用人单位支付相应的经济补偿或赔偿。辞职并不影响你主张这些权利。

三、辞职后加班劳动仲裁的后续处理

1. 仲裁程序的继续：即使你已经辞职，仲裁程序仍将继续进行。仲裁庭将根据双方提供的证据和法律规定，作出裁决。裁决作出后，如果用人单位不履行裁决义务，你还可以向人民法院申请强制执行。

2. 证据的保存与提供：在辞职后，你应妥善保存与加班相关的证据，如加班记录、工资条等。这些证据在仲裁程序中至关重要，将直接影响仲裁结果。如果用人单位掌握相关证据但拒不提供，根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，用人单位将承担不利后果。

四、建议与提醒

1. 提前规划：如果你打算在申请加班劳动仲裁期间辞职，建议提前规划好辞职时间和仲裁程序的时间安排，以确保两者互不干扰。

2. 咨询专业律师：在处理劳动争议和辞职事宜时，如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据你的具体情况提供有针对性的法律建议。

3. 保持冷静与理性：在处理劳动争议和辞职事宜时，请保持冷静与理性，避免情绪化行为。通过合法途径维护自己的权益是最有效的方式。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你有任何其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。