合同中规定三个月不能离职，在一般情况下是不合法的，因为这违反了《中华人民共和国劳动合同法》中劳动者享有的辞职权利。不过，也存在一些特殊情况，下面我将从一般情况和特殊情况两个角度为你详细分析：

一、一般情况

根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条的规定，劳动者享有提前解除劳动合同的权利。具体来说：

1. 试用期内：劳动者在试用期内如需解除劳动合同，只需提前三日通知用人单位即可。这意味着，即便员工刚入职几天且仍在试用期内，只要按照法律规定提前三天告知公司，就能够合法地辞职。因此，合同中规定“三个月不能离职”明显违反了这一规定，限制了劳动者的合法权益。

2. 转正之后：对于已经转正的员工，如需解除劳动合同，则需提前三十日以书面形式通知用人单位。这表示，员工转正后，只要提前三十天以书面形式通知公司，到期后就可以离职，无需获得公司的批准。合同中“三个月不能离职”的条款同样与这一法律规定相冲突，剥夺了劳动者的合理退出机制。

二、特殊情况

尽管一般情况下离职限制不合法，但在某些特殊情况下，对离职的合理限制可能是合法的，不过这需要满足特定条件：

1. 服务期约定：

   • 合法情形：若用人单位为劳动者提供了专项培训费用，并进行了专业技术培训，可以与劳动者订立协议，约定服务期。在服务期内，劳动者可能受到一定的离职限制。这种限制是基于用人单位对劳动者的投资而设定的，旨在保护用人单位的合法权益。例如，公司出资送员工参加专业技能培训后，与员工约定了服务期，并在服务期内对员工离职作出合理限制，这种情况下是合法的。但需要注意的是，这种限制必须合理，且不能违反法律的强制性规定。
   • 不合法情形：若用人单位未提供专项培训费用或未进行专业技术培训，却约定服务期限制劳动者离职，这样的约定是无效的。例如，公司仅进行了内部的常规入职培训，就约定员工在三个月内不得离职，这种约定不符合法律规定。

2. 竞业限制约定：

   • 合法情形：对于负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或保密协议中与劳动者约定竞业限制条款。在解除或终止劳动合同后，用人单位需按月给予劳动者经济补偿，并在竞业限制期限内要求劳动者遵守相关约定，不得离职到与原单位有竞争关系的单位工作。这种约定在合理范围内是有效的，旨在保护用人单位的商业秘密和竞争优势。但同样，这种限制也必须合理，且不能违反法律的强制性规定。
   • 不合法情形：如果用人单位未按约定支付经济补偿，或竞业限制的范围、地域、期限等约定不合理，劳动者可以不受该竞业限制约定的约束。此时，约定的离职限制也就不合法。

三、法律建议

如果遇到不合理的离职限制条款，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 与公司沟通：首先，尝试与公司进行沟通，明确表达自己的立场和法律依据，争取通过协商解决问题。

2. 向劳动监察部门投诉：如果公司仍然坚持这一不合法的规定，你可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。

3. 申请劳动仲裁或诉讼：在必要时，你还可以考虑申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径来维护自己的权益。

总之，合同中规定三个月不能离职在一般情况下是不合法的。如果你遇到了类似的情况，不要慌张，了解自己的法定权利，并采取合适的措施来维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。