自主就业退役士兵通过学历进入国企单位，其军龄是应当算作本企业工作工龄的。这一结论主要基于以下法律和政策依据：
《退役士兵安置条例》第四十四条：该条例明确规定，退役士兵服现役年限计算为工龄，与所在单位工作年限累计计算，并享受与工龄相关的待遇。这一条款直接确立了军龄计算为工龄的法律基础，无论退役士兵是通过何种方式（包括自主就业后通过学历进入国企）进入新工作单位的，其军龄都应被计入工龄。
《中华人民共和国兵役法》：该法同样规定，现役军人服役期间视为基层工作经历，退役后军龄应计入工龄。这一规定进一步强调了军龄在职业生涯中的法律地位，为退役士兵在国企等单位的工作年限计算提供了有力支持。
工龄计算的实际应用：在国企中，工龄是计算薪资、年休假天数、病假待遇、退休待遇等所有与工龄挂钩的福利和权益的重要依据。因此，将退役士兵的军龄计入工龄，不仅是对他们为国家做出贡献的认可，也是保障他们合法权益的必要措施。
针对您可能关心的几个具体问题，我进一步说明如下：
军龄如何计入工龄：当退役士兵进入国企工作时，其军龄会与在该国企的实际工作时间累计计算为连续工龄。这意味着，在计算各项与工龄相关的福利和权益时，军龄都将作为重要依据被纳入考虑。
如果军龄未被计入工龄怎么办：如果退役士兵发现其军龄未被正确计算为工龄，他们首先可以向所在单位的人事部门提出异议，要求按照规定进行更正。若单位拒绝处理或未能妥善解决，退役士兵还可以向当地退役军人事务部门或劳动保障监察机构反映情况，以进一步维护自身的合法权益。
军龄计入工龄的注意事项：虽然国家政策明确规定退役士兵的军龄应计算为工龄，但具体的工龄计算方式可能会因地区和企业而有所不同。因此，建议退役士兵在具体入职前，与所在企业的人力资源部门或相关部门进行详细咨询，以确保自己的权益得到充分保障。
总结来说，自主就业退役士兵通过学历进入国企单位后，其军龄是应当算作本企业工作工龄的。这是国家法律法规的明确要求，也是保障退役士兵合法权益的必要措施。如果您在军龄计入工龄方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。