结论前置：上班期间因病死亡补偿费能否凭协议及领据计入企业费用，需分情况讨论，具体如下：

1. 若补偿费性质属于工伤保险待遇范畴
   根据《企业所得税法》第八条及实施条例第三十五条，企业为员工缴纳的工伤保险费属于法定扣除项目，但直接支付给员工或其家属的工伤补偿（如工亡补助金、丧葬补助金等）需通过工伤保险基金支付。若企业未依法缴纳工伤保险导致自行承担补偿，该费用属于“与取得收入无关的支出”，不得税前扣除。此时，即使有协议及领据，也无法计入企业费用。

2. 若补偿费性质属于企业自愿支付的抚恤或人道主义补助
   根据《企业所得税法》第十条，与取得收入无关的其他支出不得扣除。但若企业能证明该补偿与生产经营活动存在合理关联（如员工因工作导致病情加重死亡，且企业存在过错），可能被认定为“合理支出”。此时需满足以下条件：

   • 协议明确补偿性质为“非工伤抚恤”；
     
   • 领据注明资金用途为“企业人道主义补助”；
     
   • 企业留存完整证据链（如医疗记录、工作强度证明等）。
     即使满足条件，税务机关仍可能对合理性进行严格审查，存在不被认可的风险。

3. 特殊情形：雇主责任险赔付
   若企业通过购买雇主责任险转移风险，保险赔付部分可凭保险合同及赔付凭证计入企业费用，但需注意：

   • 保险条款需明确覆盖“因病死亡”情形；
     
   • 企业不得重复扣除已获保险赔付的补偿费用。

实务建议：

• 优先通过工伤保险渠道处理，避免企业直接承担补偿；
  
• 若需企业支付，建议签订《非工伤补偿协议》并明确资金性质；
  
• 保留完整证据链，必要时咨询税务机关或专业律师进行合规性审查。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询企业税务合规或劳动争议相关问题。