关于招标人支付代理费协议的约定，这确实是一个涉及多方面因素的问题，需要综合考虑法律法规、合同条款、行业惯例以及市场规则。以下是我为您详细梳理的解答：
一、法律法规依据
《中华人民共和国招标投标法》：
- 该法确立了招标投标活动的基本原则，即公开、公平、公正和诚实信用。虽然未直接规定招标代理费的支付方，但为支付安排提供了法律框架，允许招标人和中标人通过约定来确定支付方式。
《招标代理服务收费管理暂行办法》及后续修改文件：
- 最初规定招标代理服务费用由招标人支付，但后续修改为允许招标人、招标代理机构与投标人另有约定。这为招标代理费由中标人支付提供了政策上的支持。
《政府采购代理机构管理暂行办法》：
- 明确规定代理费用可以由中标、成交供应商支付，也可由采购人支付。若由中标、成交供应商支付，则供应商报价应包含代理费用，进一步确认了中标人支付招标代理费的合法性。
《合同法》第65条：
- 规定了第三人代为履行制度，即当事人可以约定由第三人向债权人履行债务。这为招标人与招标代理机构约定招标代理费由中标人支付提供了直接的法律依据。
二、招标合同约定
招标文件规定：
- 招标人在编制招标文件时，应明确招标代理费的支付方式、金额、时间等关键条款。若规定由中标人支付，则中标人在投标时即应知晓并接受这一条件，中标后有义务按招标文件规定支付。
委托代理合同约定：
- 招标人与招标代理机构签订的委托代理合同中，可约定由中标人支付招标代理费。这种约定需双方真实意思表示，且不违反法律法规强制性规定，对各方具有约束力。
三、协议约定的具体内容
在招标人支付代理费协议中，应明确以下关键内容：
支付方式：
- 明确是由招标人直接支付给代理机构，还是由中标人支付给代理机构，或采取其他支付方式。
支付金额：
- 根据招标项目的规模、复杂程度、服务内容等，合理确定招标代理费的金额。可参考行业收费标准或市场价格进行协商。
支付时间：
- 明确支付时间节点，如在中标通知书发出后、合同签订后或项目完成后等。确保支付时间合法合规，避免在中标前或签订合同前要求支付。
违约责任：
- 约定若一方未按协议约定支付招标代理费，应承担的违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
四、注意事项
合法合规性：
- 确保协议约定符合相关法律法规的规定，避免违法违规行为导致的法律风险。
公平合理性：
- 协议约定应公平合理，兼顾各方利益，避免一方承担过多费用或责任。
明确清晰性：
- 协议条款应明确清晰，避免模糊不清或产生歧义，导致后续纠纷。
综上所述，招标人支付代理费协议的约定应综合考虑法律法规、合同条款、行业惯例以及市场规则等多方面因素。在确保合法合规、公平合理、明确清晰的前提下，双方可协商确定具体的支付方式、金额、时间等关键条款。