关于招标代理协议中是否必须明确收费的问题，结合相关法规和实际案例，我可以为您详细解答如下：

一、法规依据

1. 国家层面：根据《国家发展改革委关于进一步放开建设项目专业服务价格的通知》（发改价格〔2015〕299号），招标代理费原收费标准已经取消，实行市场调节价。这意味着招标代理服务的收费不再由政府统一规定，而是由市场供需双方协商确定。

2. 地方层面：以江苏省为例，《江苏省招标投标条例》鼓励招标投标协会发布招标代理服务成本信息或者出台收费指导意见，以引导招标代理机构合理收费。目前，江苏省执行的是《江苏省招标代理服务收费的指导意见》（苏招协〔2022〕002号）。

二、实际案例与操作建议

1. 案例启示：从云南省某学院的案例中可以看出，虽然政府采购代理机构代理费用收取标准目前并没有法律规定必须明确，但代理机构应当在采购文件中明示代理费用收取方式及标准。这是为了避免后续引起纠纷，确保双方权益。

2. 操作建议：

   • 明确收费标准：在招标代理协议中，应明确代理费用的收取标准，包括计算方式、基准价（如预算金额或成交金额）等。
   • 明示支付方式：协议中应明确代理费用的支付方式，是由招标人支付还是由中标人代为支付，以及支付的时间节点。
   • 避免歧义：如果引用其他领域的收费文件作为参考，应明确写明参照文件的哪一条或哪个标准，以避免产生歧义。

三、结论

虽然从国家层面来看，招标代理服务的收费标准已经取消，实行市场调节价，但为了确保双方权益，避免后续纠纷，招标代理协议中应当明确收费标准、支付方式等关键信息。这样不仅可以提高协议的透明度和可执行性，也有助于维护良好的市场秩序。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。