招投标公司（即招标代理机构）是否收取甲乙双方的代理费，这主要取决于招标文件或相关合同中的约定，以及具体的项目性质和行业惯例。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同约定与支付责任：

   • 招标代理费的支付责任通常会在招标文件或后续签订的合同中明确约定。如果招标文件或合同中规定由甲方（招标人）承担招标代理费，那么甲方就需要按照约定支付。同样，如果约定由乙方（中标人）或其他方承担，那么相应方就需要支付。
   • 在实践中，甲方承担招标代理费是较为常见且合法的做法，但并非绝对。具体支付方式需根据双方约定及相关法律法规来确定。

2. 行业惯例与实际情况：

   • 行业惯例方面，不同地区、不同行业的招标项目可能存在差异。在某些情况下，招标代理费可能由甲方全额承担；而在其他情况下，可能由乙方承担或双方分担。
   • 政府投资项目中，为规范财政资金的使用和招标程序，通常要求招标人承担招标代理相关费用，以确保招标过程的公正性和透明度。

3. 合理性分析：

   • 从服务报酬的角度来看，招标代理机构为甲方提供专业的招标服务，包括编制招标文件、发布招标公告、组织开标评标等。甲方支付招标代理费是对这些服务的合理报酬。
   • 从风险分担和利益平衡的角度来看，甲方通过支付招标代理费，可以依靠代理机构的专业知识和经验来处理招标过程中的争议或问题，从而降低自身的风险。同时，在某些商业项目或市场竞争激烈的情况下，招标人可能会规定招标代理费由中标人支付或双方分担，以实现利益平衡。

4. 实践建议：

   • 对于甲方而言，在招标文件中或后续合同中应明确约定招标代理费的支付方式、金额、时间及服务内容等细节，以避免后续纠纷。同时，甲方应对招标代理机构的工作进行监督和管理，确保其按照约定提供服务并合理使用招标代理费。
   • 对于乙方而言，如果招标文件或合同中规定由乙方承担招标代理费，乙方应提前做好预算和准备，确保能够按时支付。同时，乙方也可以与甲方协商招标代理费的支付方式，以减轻自身的资金压力。

举例说明：

• 假设在一个政府投资的建设工程项目中，招标文件明确规定招标代理费由甲方承担。那么，在招标过程中，甲方就需要按照约定向招标代理机构支付代理费。
• 相反，如果在一个商业建设项目中，招标文件或合同中规定招标代理费由中标人（乙方）承担。那么，在乙方中标后，就需要按照约定向招标代理机构支付代理费。

总结与建议： 招投标公司是否收取甲乙双方的代理费，主要取决于招标文件或相关合同中的约定。在实际操作中，建议双方充分沟通、明确各自的权利和义务，并确保招标代理费的支付符合法律法规及政策要求。如果双方对招标代理费的支付存在争议或疑问，可以及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况给出更详细的解答。