甲方招标代理公司的代理服务费是否由乙方支付，需根据具体情况及合同约定来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同约定优先：

   • 在建设工程招标过程中，甲方与招标代理公司之间会签订代理服务合同，明确代理服务费的支付方、支付金额、支付时间等关键条款。
   • 如果合同中明确约定由乙方支付代理服务费，则乙方需按合同约定履行支付义务。

2. 行业惯例与实践：

   • 在某些行业或地区，可能存在由乙方支付招标代理服务费的惯例。
   • 然而，这种惯例并非法律强制规定，仅作为参考，具体仍需以合同约定为准。

3. 法律原则：

   • 根据合同法的自愿原则，当事人有权根据自己的意愿订立合同，并约定合同内容。
   • 因此，代理服务费的支付方应由甲乙双方通过协商并在合同中明确约定。

4. 特殊情况处理：

   • 如果合同中没有明确约定代理服务费的支付方，或约定不明确导致争议，双方应首先通过友好协商解决。
   • 协商不成时，可依据相关法律法规或行业规范，结合实际情况进行裁决或诉讼。

综上所述，甲方招标代理公司的代理服务费是否由乙方支付，需根据双方签订的合同内容来确定。如果合同中有明确约定，则按约定执行；如果合同中没有约定或约定不明确，双方应协商解决。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律意见和支持。