结论：招标代理费由中标单位支付是否需要甲方确认，并非一个绝对化的要求，而是取决于招标文件中的具体约定以及双方之间的合同约定。

分析说明：

1. 招标文件约定：

   • 在招标过程中，招标文件是核心文件，它详细规定了招标项目的各项要求、投标人的资格条件、评标标准和方法，以及合同的主要条款等。
   • 如果招标文件中明确规定了招标代理费由中标单位支付，并且这一条款在招标过程中得到了所有投标人的认可和响应，那么在没有其他特殊约定的情况下，中标单位通常需要按照招标文件的规定支付招标代理费，而无需甲方（即招标人）的额外确认。

2. 合同约定：

   • 中标后，中标单位与招标人（甲方）会签订正式的合同，合同中会详细约定双方的权利和义务，包括招标代理费的支付方式和支付时间等。
   • 如果合同中明确规定了招标代理费由中标单位支付，并且这一条款是双方协商一致的结果，那么中标单位就需要按照合同的约定支付招标代理费，同样无需甲方的额外确认。
   • 如果合同中没有明确规定招标代理费的支付方式，或者规定由甲方支付但双方后续协商变更为由中标单位支付，那么在这种情况下，中标单位支付招标代理费就需要得到甲方的确认，以确保双方的权利和义务得到明确和保障。

3. 特殊情况：

   • 在某些特殊情况下，即使招标文件或合同中没有明确规定招标代理费由中标单位支付，但如果双方在实际操作过程中达成了这样的共识，并且这一共识不违反法律法规的强制性规定，那么中标单位支付招标代理费也可能得到法律的支持。然而，在这种情况下，为了确保双方的权益得到保障，最好还是通过书面形式对这一共识进行确认。

法律建议：

• 在参与招标项目时，投标人应仔细阅读招标文件，特别是关于招标代理费支付方式的条款，以确保自己能够理解和接受这些条款。
• 中标后，中标单位应与招标人（甲方）就合同条款进行充分协商，确保合同中的各项条款都符合双方的意愿和利益。
• 如果双方对招标代理费的支付方式存在争议或不明确的地方，应及时通过协商或法律途径解决，以避免后续产生不必要的纠纷和损失。

后续行动：

• 如果您是中标单位，并且对招标代理费的支付方式存在疑问或需要确认，建议您及时与招标人（甲方）进行沟通，明确双方的权利和义务。
• 如果您在招标过程中或中标后遇到了与招标代理费支付相关的法律问题或纠纷，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。