结论前置：法定节假日上班后，单位在支付三倍工资的情况下再扣除工时，这一做法通常是不合理的。下面我将从多个角度进行详细分析。
一、法定节假日加班工资的法律规定
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
从这一规定可以看出，法定节假日安排劳动者工作的，用人单位应当支付不低于工资的百分之三百的工资报酬，且没有规定可以扣除工时或安排补休。
二、单位扣除工时的合理性分析
法律层面：如前所述，法律并未规定在支付法定节假日三倍工资的情况下可以扣除工时。因此，单位扣除工时的做法缺乏法律依据。
公平性角度：劳动者在法定节假日加班，已经牺牲了个人休息时间，为单位创造了额外的价值。单位在支付三倍工资的同时扣除工时，实际上是对劳动者权益的双重剥夺，既不公平也不合理。
实际操作角度：如果单位在支付法定节假日三倍工资后扣除工时，可能会导致劳动者实际获得的报酬低于其应得的水平。例如，如果劳动者在法定节假日加班了8小时，单位支付了三倍工资，但随后又扣除了这8小时的工时，那么劳动者实际上只获得了正常工资水平的报酬，而失去了法定节假日加班应得的额外报酬。
三、劳动者的权益保护
如果单位存在扣除法定节假日加班工时的情况，劳动者可以采取以下措施来维护自己的权益：
与单位协商：首先，劳动者可以尝试与单位进行协商，明确表达自己的诉求和依据，要求单位停止扣除工时的做法。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门对单位的违法行为进行查处。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能满足劳动者的诉求，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的权益。
总结与建议：法定节假日上班后，单位在支付三倍工资的情况下再扣除工时是不合理的。劳动者应当了解自己的权益和法律规定，积极维护自己的合法权益。如果遇到类似情况，可以先与单位协商，协商无果后再考虑向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁、提起诉讼等法律途径。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。