结论：在综合工时制下，三薪扣除当天工时是否合理，需分情况讨论，若扣除的是当天应出勤工时且已支付三薪，则合理；若额外扣除超出应出勤工时或未支付三薪，则不合理。以下为详细分析：

一、综合工时制下三薪的计算基础

综合工时制是指用人单位因生产特点不能实行标准工时制，而经劳动行政部门批准，对劳动者实行的工作时间制度。在综合工时制下，劳动者的平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。当劳动者在法定节假日工作时，用人单位应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬，即“三薪”。

二、三薪扣除当天工时的合理性分析

1. 扣除当天应出勤工时且已支付三薪

   • 合理性：在综合工时制下，如果劳动者在法定节假日工作，用人单位支付了三薪，并同时扣除了劳动者当天的应出勤工时（即视为劳动者已经完成了当天的工作任务），这种做法是合理的。因为劳动者已经获得了额外的工资报酬（三薪），同时其工作时间也得到了相应的抵扣。

2. 额外扣除超出应出勤工时或未支付三薪

   • 不合理性：如果用人单位在支付三薪的同时，还额外扣除了劳动者超出当天应出勤的工时，或者未支付三薪而仅扣除工时，这种做法则是不合理的。因为劳动者在法定节假日工作已经付出了额外的劳动，应当获得相应的工资报酬，而不应再被额外扣除工时。

三、法律依据与建议

• 法律依据：根据《劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：……（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

• 建议：

  • 劳动者在遇到用人单位在综合工时制下扣除三薪当天工时的情况时，应首先确认用人单位是否已经支付了三薪。
  • 如果用人单位已经支付了三薪，并扣除了当天应出勤工时，劳动者可以认为这种做法是合理的。
  • 如果用人单位未支付三薪或额外扣除了超出应出勤的工时，劳动者有权向用人单位提出异议，并要求用人单位按照法律规定支付三薪或恢复被扣除的工时。
  • 若双方无法协商解决，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

如有更多关于劳动工伤（工资福利）方面的疑问，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律解答。