结论前置：公司申请的工伤认定，在一般情况下不会自行推翻，但在特定条件下，公司可以通过合法途径对工伤认定结果提出异议或申请重新认定。
一、工伤认定的基本性质与流程
工伤认定是由社会保险行政部门依据《工伤保险条例》等法规进行的行政确认行为。公司作为用人单位，在员工发生工伤事故后，有义务依法申报工伤。一旦社保部门作出认定结论，该结论即具有法律效力，公司和员工均需遵守。
二、公司可能推翻工伤认定的情形及方式
对认定结果有异议：
- 如果公司认为工伤认定结论存在错误，例如事故不符合“工作时间、工作场所、因工作原因”的三要素要求，公司可以在收到认定书之日起60日内向本级政府或上级社保部门申请行政复议，或者在6个月内提起行政诉讼。
- 法律依据：《工伤保险条例》第五十五条、《行政复议法》、《行政诉讼法》。
发现新证据或程序违法：
- 如果公司在后续过程中掌握了能够证明非工伤的关键证据，例如监控录像显示员工在非工作时间受伤，公司可以据此申请复议或诉讼。
- 如果社保部门在认定过程中存在程序违法，例如未进行调查取证即作出认定，公司同样可以通过法律途径主张撤销认定。
特殊情况下的重新认定：
- 在部分地区，如果公司能够提供充分证据证明原认定事实不清或适用法律错误，社保部门可能依职权启动复查程序。但这种情况较为罕见，且需要严格审核。
三、公司需注意的法律风险
举证责任倒置：
- 根据《工伤保险条例》第十九条，如果公司对工伤认定有异议，需要提供有效证据来支持其主张。否则，社保部门的调查核实将作为主要依据。
逾期维权的后果：
- 如果公司超过法定复议或诉讼时效期间提出异议，将丧失救济权利，工伤认定结论将自动生效。
恶意抗辩的处罚：
- 如果公司虚构事实或伪造证据试图推翻工伤认定，可能面临行政处罚甚至刑事责任。
四、建议措施
及时申报并保留证据：
- 事故发生后，公司应主动配合调查，并保存现场记录、证人证言等材料，以备不时之需。
寻求专业法律支持：
- 在处理工伤认定问题时，公司可以向我咨询，我会根据案件细节分析胜诉可能性，并制定维权策略。
合规管理：
- 公司应完善安全生产制度，减少工伤争议发生的概率，从而降低法律风险。
综上所述，虽然公司申请的工伤认定在一般情况下不会自行推翻，但在特定条件下，公司仍然有机会通过合法途径对工伤认定结果提出异议或申请重新认定。因此，公司在处理工伤问题时，应充分了解法律规定，并寻求专业法律支持，以确保自身权益得到有效维护。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。