法院本身不会直接推翻公司自己申请的工伤认定，但公司可以通过合法途径对工伤认定结果提出异议，进而可能影响法院的最终判断或导致工伤认定被撤销或变更。以下是对此问题的详细分析：
一、工伤认定的法律性质与程序
工伤认定是劳动行政部门依据法律的授权，对职工因事故伤害（或者患职业病）是否属于工伤或者视同工伤给予定性的行政确认行为。其目的在于保障职工的合法权益，明确工伤责任归属。通常，工伤认定由用人单位或职工个人向当地劳动行政部门提出申请，劳动行政部门会进行调查核实，并根据相关法律法规作出认定决定。
二、公司对工伤认定结果的异议途径
行政复议：
- 根据《工伤保险条例》第五十五条，公司若对工伤认定结论不服，可在收到认定书之日起60日内向作出认定决定的劳动保障行政部门的上一级主管部门或本级人民政府申请行政复议。
- 行政复议是一种行政救济途径，旨在通过上级行政机关的审查来纠正下级行政机关的错误决定。
行政诉讼：
- 若公司对行政复议结果仍不满意，或选择不申请行政复议，而直接在法定期限内（通常是收到认定书之日起6个月内）向人民法院提起行政诉讼，请求法院撤销或变更工伤认定决定。
- 行政诉讼是司法救济途径，通过法院的审判活动来审查行政行为的合法性。
三、公司可能推翻工伤认定的具体情形
证据不足或错误：
- 若公司在申请工伤认定时提供的证据不足以支持工伤认定，或存在错误、虚假信息，可能导致认定结果被撤销或更正。
- 在行政复议或行政诉讼过程中，公司可以提交新的证据来支持其主张。
新证据出现：
- 在工伤认定后，若出现新的证据足以证明原认定结论错误，公司可据此申请重新认定或通过行政复议、行政诉讼途径寻求救济。
程序违法：
- 若工伤认定过程中存在程序违法行为（如未依法通知公司参与调查、未听取公司意见等），公司可主张认定无效，并通过行政复议或行政诉讼途径请求撤销或变更认定决定。
四、公司的责任与义务
- 如实申报：公司应如实提供与工伤认定相关的材料和信息，不得隐瞒或虚报。
- 配合调查：在工伤认定过程中，公司应积极配合劳动行政部门的调查工作。
- 尊重法律程序：若对认定结果有异议，公司应通过合法途径寻求救济，而非采取非法手段干扰或破坏认定程序。
五、法律建议
- 及时咨询专业律师：若公司对工伤认定结果有异议，应及时咨询专业律师，了解具体的法律途径和策略。
- 准备充分证据：在申请行政复议或提起行政诉讼前，公司应准备充分的证据来支持其主张。
- 遵守法律程序：公司应严格遵守法律程序，确保在法定期限内提出异议或申请救济。
总结来说，虽然法院不会直接推翻公司自己申请的工伤认定，但公司可以通过行政复议或行政诉讼等合法途径对工伤认定结果提出异议。若异议成立，工伤认定结果可能被撤销或变更。因此，公司应充分了解相关法律法规和程序，以便在必要时维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。