结论：个人原因违法且检察院不起诉的情况下，公司开除员工后是否有赔偿金，需根据具体情况判断，主要取决于公司解除劳动合同的合法性及员工是否存在过错。以下从不同角度进行分析：
一、公司解除劳动合同的合法性
合法解除：
- 若公司依据《劳动合同法》第三十九条的规定，因员工严重违反公司规章制度、严重失职、营私舞弊给公司造成重大损害等情形解除劳动合同，且这些情形与员工个人违法且检察院不起诉的行为直接相关，则公司解除劳动合同是合法的。
- 法律后果：在此情况下，公司无需支付经济补偿金或赔偿金。因为员工存在过错，公司有权依法解除劳动合同，且不承担经济赔偿责任。
违法解除：
- 若公司解除劳动合同的行为不符合《劳动合同法》的规定，如未提前通知员工、未说明解除理由、解除理由不充分或不存在等，则构成违法解除。
- 法律后果：根据《劳动合同法》第四十八条和第八十七条的规定，员工有权要求公司继续履行劳动合同或支付赔偿金。赔偿金的标准为经济补偿金的两倍，经济补偿金按员工在公司工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准计算。
二、员工个人违法且检察院不起诉的影响
不起诉不等于无罪：
- 检察院不起诉仅意味着在现有证据下，不足以支持对员工提起公诉，但并不意味着员工的行为不构成违法或犯罪。公司仍可能基于员工的行为违反公司规章制度或职业道德而解除劳动合同。
公司规章制度的重要性：
- 公司规章制度是公司管理员工的重要依据。若公司规章制度中明确规定了员工违法或犯罪行为的处理方式，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，则公司有权依据规章制度解除劳动合同。
三、具体建议
审查公司规章制度：
- 员工应首先审查公司的规章制度，了解公司对于违法或犯罪行为的处理方式。若公司规章制度中未明确规定或规定不明确，则员工有权要求公司说明解除劳动合同的具体理由。
收集证据：
- 若员工认为公司解除劳动合同的行为违法，应收集相关证据，如公司解除劳动合同的通知、公司规章制度、员工工作表现记录等，以证明公司的解除行为缺乏合法依据。
寻求法律援助：
- 若员工与公司就解除劳动合同的合法性及赔偿金问题存在争议，建议员工及时寻求法律援助，通过劳动争议仲裁或诉讼途径维护自己的合法权益。
示例：假设员工因个人原因涉嫌违法，但检察院最终决定不起诉。然而，该员工的行为严重违反了公司的规章制度，如贪污受贿、泄露公司机密等。在此情况下，公司有权依据规章制度解除劳动合同，且无需支付经济补偿金或赔偿金。反之，若公司无法证明员工的行为违反了规章制度或解除劳动合同的行为不符合法律规定，则员工有权要求公司支付赔偿金。
进一步思考：员工在面对公司解除劳动合同的情况时，应首先了解自己的权益和公司的规章制度，然后根据实际情况采取相应的法律措施。同时，公司也应加强规章制度的建设和管理，确保解除劳动合同的行为合法合规，避免不必要的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。