非法集资单位的员工在符合一定条件下是可以申请劳动仲裁的。以下是对这一问题的详细分析：
员工不知情的情况：
- 如果员工对非法集资活动并不知情，且未参与其中，那么他们与单位之间的劳动关系仍然受法律保护。在这种情况下，如果单位拖欠员工工资或存在其他劳动纠纷，员工完全有权向当地劳动仲裁机构提起申诉，请求其介入处理并责令单位支付所拖欠的薪酬和相应的经济赔偿金。
员工知情并参与的情况：
- 如果员工明知单位在进行非法集资活动，且直接参与其中，如帮助公司直接向公众吸收存款，从中收取返点费、佣金、提成等，那么他们可能会被认定为是共同犯罪中的帮助犯，并应承担相应的刑事责任。然而，即便在这种情况下，员工与单位之间的劳动关系（在非法集资行为被认定之前）仍然可能受法律保护，如果存在拖欠工资等劳动纠纷，理论上他们仍有可能申请劳动仲裁，但实际处理中可能会因涉及刑事责任而更为复杂。不过，从劳动仲裁的角度来看，只要员工与单位之间存在劳动关系，且纠纷属于劳动仲裁的受理范围，员工就有权申请劳动仲裁。
劳动仲裁的时效性和程序：
- 需要注意的是，劳动仲裁程序有一定的时效性，规定的上限为一年。员工应在知道或应当知道其权利被侵害之日起一年内提起劳动仲裁。同时，由于欠薪所引发的劳动纠纷必须经过劳动仲裁这一前置环节才能提交至法庭解决。对于仲裁决定持有异议者，可在接到正式裁决通知书之日起十五个工作日内向人民法院启动上诉程序。
非法集资与劳动纠纷的区分处理：
- 在处理非法集资单位的员工劳动纠纷时，应明确区分非法集资行为与劳动纠纷。非法集资行为属于刑事犯罪范畴，应由公安机关依法处理；而劳动纠纷则属于民事纠纷范畴，应由劳动仲裁机构或人民法院依法处理。两者不应混为一谈。
综上所述，非法集资单位的员工在符合一定条件下是可以申请劳动仲裁的。如果员工对非法集资活动并不知情且未参与其中，或者即便知情但纠纷属于劳动仲裁的受理范围且未超过时效性，他们都有权向当地劳动仲裁机构提起申诉。如有任何进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。