用人单位规定加班调休半年清零是否合法，需分情况讨论：
休息日加班调休清零的合法性
- 有约定且合理：若用人单位在规章制度中明确规定调休假期半年清零，且该规定通过民主程序制定（如经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向劳动者公示或告知），同时调休安排在半年内是合理可行的（例如，单位提前告知员工休息日加班调休需在半年内安排完，且平时积极安排调休），那么清零行为可能是合法的。
- 无约定或不合理：若用人单位未事先规定或规定不合理（如员工因工作繁忙一直无法安排调休），则擅自将调休假期清零损害劳动者合法权益，属于违法行为。此时，劳动者有权要求单位支付不低于工资百分之二百的加班工资。
工作日延长工作时间加班和法定休假日加班调休清零的合法性
- 工作日延长工作时间加班：根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。法律未提供补休作为替代选项，因此，任何试图以补休或补休清零来规避支付加班工资的做法都是不合法的。
- 法定休假日加班：同样根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬，且不可用调休代替支付加班费。因此，不存在法定休假日加班调休假期及清零问题，若单位试图清零此类假期，则属于违法行为。
劳动者权益保护建议：
- 了解权益：劳动者应了解并熟悉相关法律法规，确保自己的加班权益得到保障。在面临权益受损时，应勇于通过法律途径维权。
- 协商与投诉：若劳动者认为单位调休假期清零的做法侵犯自身权益，可与单位协商解决。协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护合法权益。
- 保留证据：劳动者应保留好加班记录、调休安排等相关证据，以便在维权时提供有力支持。
用人单位合规建议：
- 完善制度：用人单位在制定相关规章制度时，应确保符合法律法规要求，充分保障员工权益，避免引发劳动纠纷。
- 合理调休：用人单位应合理安排调休，确保员工能够得到充分的休息时间，同时避免调休假期清零等可能引发争议的做法。
综上所述，用人单位规定加班调休半年清零的合法性取决于多种因素，包括加班类型、是否支付加班费、是否合理安排调休以及是否有相关约定等。劳动者应密切关注自己的加班权益，并在必要时采取相应措施维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。