公司从员工工资中扣除公司经营税是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
一、税种与工资的关系
营业税（或增值税）与工资无直接关系：
- 营业税（现已改为增值税）是对企业生产经营过程中的营业额（或增值额）征收的税种，它主要针对的是企业的经营活动，与个人工资无直接关系。
- 员工的工资是公司交纳营业税（或增值税）后所得中用于支付员工报酬的部分，因此不属于营业税（或增值税）的征税范畴。公司无权从员工工资中扣除这部分税款。
工资涉及的主要税种是个人所得税：
- 当员工工资达到个人所得税的纳税标准时，公司需按照税法规定计算并代扣代缴员工应缴纳的个人所得税。这是公司作为扣缴义务人的法定义务。
- 个人所得税的纳税标准（即起征点）和税率由税法明确规定，公司不得随意调整或改变。
二、公司的其他责任
- 社会保险费和住房公积金：
- 除了代扣代缴个人所得税外，公司还需为员工工资支出缴纳一定比例的社会保险费和住房公积金等费用。
- 这些费用并非营业税（或增值税）的范畴，而是公司依据相关法律法规应承担的责任。公司不得将这些费用转嫁到员工工资中扣除。
三、法律后果
- 如果公司从员工工资中扣除公司经营税：
- 这将构成违法行为，可能面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。
- 员工也有权向劳动仲裁机构或法院提起诉讼，要求公司返还被扣除的税款，并可能获得相应的赔偿。
四、建议与行动
对于员工：
- 如果发现公司从工资中扣除了公司经营税或其他不合理的费用，应及时与公司沟通协商，要求公司改正。
- 如果公司拒绝改正，员工可以向当地劳动行政部门投诉，或者向劳动仲裁机构提起仲裁申请，维护自己的合法权益。
对于公司：
- 应严格遵守税法规定，不得从员工工资中扣除公司经营税或其他不合理的费用。
- 应加强内部管理，确保工资发放的合法性和合规性，避免引发劳动纠纷和法律风险。
综上所述，公司从员工工资中扣除公司经营税是不合法的行为。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。