关于员工两次缺岗的赔偿问题，需结合缺岗原因、公司规章制度及劳动合同约定综合判断，具体赔偿方式可能存在以下几种情形：

1. 若缺岗属于无故旷工
   根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可解除劳动合同且无需支付经济补偿。若公司规章制度明确“两次无故缺岗视为严重违纪”，则公司可依法解除合同，并无需赔偿；若未明确规定，但缺岗行为确实给公司造成重大损失（如订单延误、客户流失等），公司可主张员工赔偿实际损失（需举证损失与缺岗的因果关系）。

2. 若缺岗因员工患病或非因工负伤
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在医疗期内，公司不得解除合同，且需支付病假工资（不低于当地最低工资的80%）。若两次缺岗均处于医疗期，公司无权要求赔偿，反而需履行病假工资支付义务；若医疗期满后员工仍无法返岗，公司可提前30日书面通知或支付代通知金后解除合同，但需支付经济补偿（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。

3. 若缺岗因公司原因（如未安排工作、拖欠工资等）
   若缺岗是员工对公司违法行为的合理反抗（如公司未及时支付劳动报酬、未提供劳动条件），则员工无需承担赔偿责任，反而可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除合同，并要求公司支付经济补偿。

4. 若劳动合同或规章制度有特殊约定
   若劳动合同或公司规章制度中明确“两次缺岗需支付违约金”或“扣减绩效工资”，需注意：根据《劳动合同法》第二十五条，除服务期协议和竞业限制协议外，公司不得与员工约定违约金。因此，此类约定可能被认定为无效，公司无法据此要求赔偿；但若约定“缺岗扣减当月部分工资”，且扣减后工资不低于当地最低工资标准，则可能被认可。

建议行动：

• 公司应先核实缺岗原因，保留考勤记录、沟通记录等证据；
  
• 若决定解除合同，需确保规章制度已通过民主程序制定并公示，且解除程序合法（如通知工会、送达解除通知）；
  
• 若主张赔偿损失，需举证损失金额及与缺岗的直接关联。
  

员工应对：

• 若认为公司处理不当，可申请劳动仲裁，主张违法解除赔偿金（2倍经济补偿）或要求继续履行合同；
  
• 若公司扣减工资，可要求补发差额，并可向劳动监察部门投诉。
  

如有具体案情（如缺岗天数、公司损失金额、规章制度内容等），可进一步提供细节，我会为您分析更精准的解决方案。