针对您提出的“公司违反综合工时制怎么处理”的问题，这是一个涉及员工权益保护和用人单位合规管理的重要议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、理解综合工时制的基本原则
首先，我们需要明确综合工时制的基本概念。综合工时制是一种灵活的工作时间安排制度，它允许在一定周期内（如周、月、季度）的工作时间总和超过或低于标准工作时间，但整个计算周期内的平均工作时间不得超过法定标准，即每日8小时，每周40小时。这是判断公司是否违反综合工时制的重要依据。
二、识别公司违反综合工时制的情形
公司可能违反综合工时制的情形包括但不限于：
- 超时工作未支付加班费：如果公司在综合计算周期内安排员工超时工作，但未按照法律规定支付加班费，即构成违法。
- 未保障员工休息休假权益：综合工时制下，员工仍应享有足够的休息时间。如果公司未合理安排员工休息，或未依法支付因工作需要无法安排正常休息的加班费或补休，也属于违法。
- 未与员工协商或未告知：公司在实施综合工时制前，应与员工进行充分协商，并明确告知员工相关制度内容和权益。如果公司未履行这一程序，同样可能构成违法。
三、处理公司违反综合工时制的途径
当发现公司违反综合工时制时，您可以采取以下途径来维护自己的权益：
与公司沟通协商：
- 首先，尝试与公司进行沟通，明确表达您的诉求和担忧。
- 要求公司纠正违法行为，如支付应得的加班费、安排补休等。
向劳动监察部门投诉：
- 如果与公司沟通无果，您可以向当地劳动监察部门投诉。
- 投诉时，应提供相关证据，如工作记录、加班通知、工资单等，以证明公司的违法行为。
寻求法律援助或提起诉讼：
- 如果您认为自己的权益受到严重侵害，且无法通过协商或投诉解决，可以寻求法律援助或提起诉讼。
- 在此过程中，建议您咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。
四、预防公司违反综合工时制的建议
为了预防公司违反综合工时制，您可以采取以下措施：
了解并关注自己的权益：
- 认真学习相关法律法规，了解自己在综合工时制下的权益和义务。
- 定期关注自己的工作记录和工资单，确保公司未违反相关规定。
积极参与公司协商：
- 在公司实施综合工时制前，积极参与协商过程，表达自己的意见和诉求。
- 确保公司充分听取员工意见，并合理调整制度内容。
保留相关证据：
- 在工作过程中，保留好与工作相关的证据，如工作记录、加班通知、工资单等。
- 这些证据在后续维权过程中将起到重要作用。
综上所述，当发现公司违反综合工时制时，您应首先与公司沟通协商，寻求合理解决方案；如协商无果，可向劳动监察部门投诉或寻求法律援助；同时，为了预防类似问题的发生，建议您了解并关注自己的权益，积极参与公司协商，并保留好相关证据。希望这些建议能对您有所帮助。