公司综合工时制违规，确实可以通过劳动仲裁来维护自身权益。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

一、综合工时制的法律基础与违规情形

综合工时制是相对于标准工时制而言的一种工时制度，它允许企业在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。如果公司未经劳动行政部门批准擅自实行综合工时制，或者虽然获得批准但未按照批准的周期和工时进行安排，均属于违规行为。

二、劳动仲裁的适用性

当公司综合工时制违规时，劳动者有权向劳动仲裁机构申请仲裁。劳动仲裁是解决劳动争议的一种重要方式，它具有高效、便捷、成本低廉等特点。在仲裁过程中，劳动者需要提供相关证据证明公司存在违规行为，如工资单、考勤记录、工作安排通知等。

三、可能的仲裁请求与法律依据

1. 要求支付加班费：

   • 如果公司综合工时制违规导致劳动者实际工作时间超过法定标准，劳动者可以要求公司支付加班费。根据《劳动法》第四十四条的规定，加班费应按照不低于工资的百分之一百五十（工作日）、百分之二百（休息日）或百分之三百（法定节假日）的标准支付。

2. 要求恢复标准工时制或调整工作安排：

   • 劳动者还可以要求公司恢复标准工时制或调整工作安排，以确保其合法权益不受侵害。如果公司拒绝，劳动者可以继续通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自身权益。

3. 要求赔偿损失：

   • 如果公司综合工时制违规给劳动者造成了其他损失（如健康损害、精神损失等），劳动者还可以要求公司进行赔偿。

四、仲裁流程与注意事项

1. 提交仲裁申请：

   • 劳动者需要向当地劳动仲裁机构提交仲裁申请，并附上相关证据材料。仲裁申请应明确仲裁请求、事实和理由等。

2. 参加仲裁庭审：

   • 在仲裁庭审过程中，劳动者需要陈述自己的仲裁请求和事实理由，并提供证据支持。同时，劳动者也有权对公司的证据进行质证和辩论。

3. 等待仲裁裁决：

   • 仲裁机构在审理完毕后会作出裁决。如果劳动者对裁决结果不服，还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。

在申请劳动仲裁时，劳动者需要注意以下几点：

• 确保仲裁请求明确、具体，并附上相关证据材料；
• 遵守仲裁程序的规定，按时参加仲裁庭审；
• 在仲裁过程中保持冷静、理性，避免情绪化行为影响仲裁结果。

如果公司综合工时制违规，劳动者完全可以通过劳动仲裁来维护自身权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。