工厂要求补请假单是否合理，需结合具体情况判断，但核心原则是：工伤停工留薪期内，职工无需履行常规请假手续，工厂的要求可能缺乏法律依据。以下从不同角度为您详细分析：
一、工伤停工留薪期的法律性质
根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期是法律赋予工伤职工的特殊权利，期间职工无需履行常规请假手续，工厂要求补请假单可能违反这一规定。
二、工厂要求的合理性分析
若工伤已认定且处于停工留薪期：
- 工厂的要求不合理。停工留薪期内，职工因工伤需要暂停工作接受治疗，这是法律明确规定的权利，无需额外履行请假手续。工厂要求补请假单，可能是在试图规避停工留薪期的工资支付义务。
若工伤尚未认定或停工留薪期已结束：
- 工厂的要求可能有一定合理性。在工伤尚未认定的情况下，工厂可能要求职工按照常规请假流程操作，以便管理。但一旦工伤认定完成且处于停工留薪期内，这一要求即失去合理性。
- 若停工留薪期已结束，职工仍需继续治疗的，应按照工伤医疗待遇处理，此时工厂要求请假可能涉及对工伤医疗待遇的误解或违规操作。
三、您的应对建议
确认工伤认定情况：
- 首先确认您的工伤是否已经过人社部门认定。若尚未认定，应尽快收集相关证据（如医疗记录、事故报告等）并申请工伤认定。
了解停工留薪期期限：
- 根据您的伤情和实际情况，了解停工留薪期的具体期限。一般不超过12个月，伤情严重或情况特殊的，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
与工厂沟通并保留证据：
- 与工厂沟通，明确告知其根据《工伤保险条例》的规定，停工留薪期内无需履行常规请假手续。若工厂坚持要求补请假单，应要求其出具书面依据，并保留好相关沟通记录。
寻求法律援助：
- 若工厂无视法律规定，继续违规操作，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。在此过程中，如有需要，可以随时向我咨询，我将为您提供专业的法律支持。
四、可能的法律后果
若工厂违规操作：
- 工厂可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。
- 您有权要求工厂支付停工留薪期内的工资福利待遇，并可能获得因工厂违规操作而产生的其他赔偿。
若您未及时维权：
- 您可能错失维护自己合法权益的最佳时机，导致停工留薪期内的工资福利待遇无法得到保障。
总之，工厂要求补请假单是否合理需结合具体情况判断，但在工伤停工留薪期内，这一要求通常缺乏法律依据。建议您根据上述建议采取相应措施，维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请随时向我咨询。