结论前置：解除劳动关系时，用人单位通常应当一次性结清劳动者工资，但具体支付方式可能因双方协议、地方规定及是否存在争议等因素而有所不同。

一、法律依据与常规要求

根据《工资支付暂行规定》第九条，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这一规定确保了劳动者在离职后能够及时获得其应得的劳动报酬，以维持基本生活需求并避免拖欠工资的情况发生。工资应包含劳动者在劳动关系存续期间的所有应得收入，如基本工资、加班工资、奖金、津贴补贴等，且各项工资数额应根据劳动者实际出勤天数和工作成果准确计算。

二、特殊情况及处理方式

尽管法律规定了应一次性结清工资，但在实际操作中，可能会遇到一些特殊情况，这时需要灵活处理：

1. 财务流程限制：

   • 若企业因财务流程、资金安排等特殊原因无法立即一次性支付工资，应与劳动者进行充分沟通，并协商确定一个合理的支付时间。这种协商必须建立在劳动者同意的基础上，且不能无限制地拖延支付时间。双方应签订书面协议，明确支付时间和方式，以避免后续纠纷。

2. 工资争议：

   • 若双方对工资数额、计算方式或支付方式等存在争议，应先解决这些争议。用人单位应在争议解决后及时支付无争议部分的工资，对于有争议的部分，可通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径寻求解决方案。

3. 地方特殊规定：

   • 不同地区可能有不同的劳动法规或特殊规定，关于是否要求一次性结清工资也可能存在差异。因此，在处理解除劳动关系时的工资支付问题时，还需参考当地的劳动法规和特殊规定，确保符合当地法律要求。

三、双方协议的重要性

在处理解除劳动关系时的工资支付问题时，双方协议至关重要。如果劳动者和用人单位能够就工资支付方式、时间等达成一致意见，并签订书面协议，这将有助于避免后续的纠纷和争议。协议内容应明确、具体，包括支付金额、支付时间、支付方式等关键信息。

四、法律后果与维权途径

若用人单位违反规定未一次性支付工资，劳动者有权向当地劳动监察大队投诉。劳动监察部门将依法对用人单位进行调查，责令其改正并支付工资。若协商和投诉均未能解决问题，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付工资并可主张相应的经济补偿。对仲裁结果不服的，劳动者还可以向人民法院提起诉讼。

五、建议与总结

建议用人单位在解除劳动关系前，充分了解相关法律法规和地方规定，并与劳动者进行充分沟通，确保工资支付方式的合法性和合理性。同时，对于可能存在的争议，应尽早通过协商、调解等方式予以解决，以避免不必要的法律风险和纠纷。

综上所述，解除劳动关系时，用人单位通常应当一次性结清劳动者工资，但具体支付方式需根据双方协议、地方规定及是否存在争议等因素来确定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。