事业单位扣押档案是违法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十四条的规定，用人单位违反本法规定，扣押劳动者档案或者其他物品的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。这一条款明确指出了用人单位扣押劳动者档案的违法性，并规定了相应的法律责任。
二、可能的原因及应对策略
未完成离职手续：
- 事业单位通常有严格的离职流程，如工作交接、财务结算等。若员工未按规定完成这些手续，单位可能以此为由扣留档案。
- 应对策略：员工应尽快按照单位要求补齐相关手续，确保离职流程的顺利进行。同时，以书面形式向单位提出档案转移申请，并注明自己已完成的离职步骤和符合的条件。
服务期约定：
- 部分员工在入职时可能与单位签订了服务期协议。若在服务期内辞职，单位可能认为员工违约，从而扣留档案作为违约责任的一种承担方式。
- 应对策略：员工应仔细审查服务期协议的内容，了解自己的权利和义务。若认为单位扣留档案的行为不合理，可以通过沟通协商、劳动监察投诉或劳动仲裁等途径维护自己的合法权益。
单位故意刁难：
- 在某些情况下，单位领导或相关人员可能出于个人矛盾或其他不合理原因，故意不配合办理档案转移手续。
- 应对策略：员工应保持冷静，通过沟通协商尝试解决问题。若沟通无果，可以向单位的上级主管部门反映情况，请求协调解决。同时，准备好劳动合同、辞职申请、工作交接证明等相关材料，以便说明事情经过。
三、维权途径
沟通协商：
- 与单位的人力资源部门或负责离职手续办理的人员进行积极沟通，了解档案被扣的具体原因，并尝试通过协商解决问题。
向上级主管部门求助：
- 若与单位沟通无果，可向单位的上级主管部门反映情况，请求协调解决。
劳动监察投诉：
- 向当地劳动监察部门投诉，详细说明情况并提供相关证据。劳动监察部门将依法进行调查处理，并责令单位限期退还档案。
劳动仲裁或提起诉讼：
- 若上述途径均无法解决问题，可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在仲裁过程中，提供充分证据证明单位无故扣留档案的事实。
- 对仲裁结果不满意时，可在规定时间内向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自身权益。
四、法律后果
若单位扣押档案的行为被查实，将面临劳动行政部门的处罚，包括责令限期退还档案、罚款等。同时，若给劳动者造成损害的，还应承担赔偿责任。
建议：面对事业单位扣押档案的情况，员工应保持冷静、理性应对。通过沟通协商、向上级主管部门求助、劳动监察投诉、劳动仲裁或诉讼等法律途径，可以依法维护自己的合法权益。若在处理过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。