单位不可以分两个部门分别扣除员工一次过失的绩效。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律原则与规定

1. 一事不再罚原则：在劳动法律关系中，虽然并不直接提及“一事不再罚”原则，但该原则在行政法中体现的是对同一违法行为不得重复处罚的精神。在劳动法领域，对于员工的同一过失行为，单位也不应进行重复的绩效扣除或其他形式的重复处罚。这是因为，绩效扣除本身即是对员工过失行为的一种经济惩罚，重复扣除无疑是对员工权益的过度侵害。

2. 劳动合同与规章制度：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。这些规章制度中应明确绩效管理的具体办法，包括绩效扣除的条件、程序和标准等。若规章制度中未明确规定可以分部门扣除绩效，则单位无权擅自进行此类操作。

二、实际操作与合理性

1. 操作合规性：从实际操作的角度来看，单位分两个部门分别扣除员工一次过失的绩效，缺乏明确的法律依据和规章制度支持。这种操作方式可能引发员工对单位管理公正性和合法性的质疑，进而影响员工的工作积极性和团队凝聚力。

2. 合理性考量：即使单位认为员工的过失行为严重，需要给予一定的经济惩罚，也应遵循合理、公正的原则。分部门扣除绩效的方式可能过于严苛，且不利于员工对过失行为的正确认识和改正。单位应考虑通过培训、指导等方式帮助员工提升工作能力和避免过失，而非单纯依赖经济惩罚。

三、法律后果与建议

1. 法律后果：若单位擅自分部门扣除员工绩效，可能面临员工投诉、劳动争议仲裁或诉讼等法律后果。一旦被认定为违法操作，单位不仅需要补发被扣除的绩效，还可能承担额外的赔偿责任和声誉损失。

2. 建议：

   • 完善规章制度：单位应依法建立和完善劳动规章制度，明确绩效管理的具体办法和扣除标准，确保操作的合规性和公正性。
   • 加强沟通与培训：单位应加强与员工的沟通，明确工作要求和过失行为的后果。同时，通过培训等方式提升员工的工作能力和避免过失的意识。
   • 依法处理争议：若发生劳动争议，单位应依法与员工进行协商、调解或仲裁/诉讼等程序，避免采取过激或违法的操作方式。

综上所述，单位不可以分两个部门分别扣除员工一次过失的绩效。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。