结论前置：

1. 若借款已通过合法发票平账且公司确认核销，公司通常不能再以借条要求员工还款；
   
2. 若存在发票不合规、平账未完成或公司未确认核销等情形，公司可能仍可主张债权。
   

核心前提与法律分析

员工向公司借款用于业务（如差旅费、采购款等），后续通过发票平账的行为，本质是履行借款的报销义务。根据《民法典》合同编及财务制度，此类借款的法律关系需结合以下因素判断：

1. 平账流程的合法性与完整性

• 合法平账：员工提交的发票需符合公司财务制度（如真实业务、合规票据、审批流程完整）。若公司已审核通过并核销借款（即从财务账目中冲抵），则借款关系因履行完毕而终止，公司无权再主张还款。
  
• 不合规平账：若发票存在虚假（如套取现金）、与业务无关或未通过审批，公司可主张平账无效，要求员工返还借款。此时，借条仍作为债权凭证有效。
  

2. 公司是否明确放弃债权

• 书面确认：若公司通过财务核销单、还款协议等书面文件明确表示“借款已结清”，则构成对债权的放弃，公司不得反悔。
  
• 无明确放弃：若公司仅口头认可平账，但未留存书面证据，可能因举证困难而败诉。但若员工无法证明平账合法性，公司仍可主张权利。
  

3. 员工是否存在过错

• 恶意平账：若员工与第三方串通虚开发票、套取公司资金，可能构成职务侵占或诈骗，公司不仅可要求还款，还可追究刑事责任。
  
• 善意平账：若员工因疏忽提交了不合规发票，但无主观恶意，公司通常只能要求更换合规票据或返还借款，而非直接追究刑事责任。
  

实务建议

1. 对员工：

   • 保留平账的完整证据（如发票、审批单、核销记录）；
     
   • 避免使用虚假发票，否则可能承担民事赔偿甚至刑事责任。
     

2. 对公司：

   • 完善借款与报销制度，明确平账流程及不合规处理方式；
     
   • 对大额借款要求员工提供担保或签订还款协议，降低风险。
     

如有具体案件细节（如借款金额、发票类型、公司核销流程等），可进一步向我咨询，我将结合证据提供针对性分析。