结论：单位在员工上班15天后休息两天，但只结算13天工资的做法是否合理，需根据具体情况判断，一般情况下，若休息日为带薪休假或符合劳动合同、规章制度的规定，则单位做法不合理；若休息日为无薪假且不符合相关规定，则单位做法可能合理。以下是对此问题的详细分析：
一、带薪休假情况
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工享有带薪年休假、病假、婚假、产假等带薪休假权利。若员工在上班15天后享受的休息日属于带薪休假范畴，则单位应支付该休息日的工资。
劳动合同与规章制度：
- 劳动合同或单位规章制度中可能明确规定了员工的带薪休假天数及待遇。若休息日符合这些规定，单位应支付工资。
不合理情况：
- 若休息日属于带薪休假，但单位未支付工资，则单位做法不合理，员工有权要求单位补发工资或寻求法律援助。
二、无薪假情况
法律规定：
- 并非所有休息日都享有带薪待遇。例如，事假通常为无薪假。若员工在上班15天后因个人原因请事假休息两天，且单位规章制度或劳动合同中明确规定事假为无薪假，则单位可能无需支付这两天工资。
劳动合同与规章制度：
- 同样，劳动合同或单位规章制度中可能规定了无薪假的情形及待遇。若休息日符合这些规定，单位不支付工资可能合理。
合理但需注意的情况：
- 即使休息日为无薪假，单位也应确保此做法符合劳动合同、规章制度及法律法规的规定。若单位随意扣减工资或未明确告知员工无薪假规定，则可能引发劳动争议。
三、其他考虑因素
工资计算方式：
- 员工的工资计算方式（如日工资、小时工资等）也可能影响休息日工资的支付。若单位采用不合理的工资计算方式导致休息日工资被扣减，则单位做法不合理。
劳动争议解决：
- 若员工对单位工资支付做法有异议，可先与单位协商解决。协商无果的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
四、建议与行动
- 核查劳动合同与规章制度：员工应仔细核查劳动合同及单位规章制度中关于带薪休假、无薪假及工资支付的规定。
- 与单位沟通：若对工资支付有疑问，可与单位人力资源部门或上级沟通，了解具体原因及依据。
- 寻求法律援助：若认为单位做法不合理且协商无果，可寻求法律援助或向劳动监察部门投诉。
举例：假设员工小李在某公司上班15天后因个人原因请事假休息两天。若公司规章制度中明确规定事假为无薪假，且小李在入职时已签署确认该规章制度，则公司可能无需支付这两天工资。但若公司未明确告知小李事假为无薪假或规章制度中无相关规定，则小李有权要求公司支付这两天工资。
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