结论：员工上班13天，休息3天是否算工资，这主要取决于休息日的性质以及劳动合同或公司规章制度中的具体规定。以下从不同角度进行分析：

1. 休息日为正常轮休或调休

   • 法律背景：根据《劳动法》及相关规定，劳动者享有休息休假的权利。如果这3天休息日是公司正常安排的轮休或调休，且未超出法定休息日范围，那么这3天通常不计入实际工作天数，但也不应扣除工资。员工的工资应按照其实际工作的天数和劳动合同约定的工资标准来计算，即如果劳动合同约定的是月薪制，且员工在当月内完成了正常的工作任务（尽管有休息日），则其应获得全额月薪。
   • 建议：员工应查看自己的劳动合同或公司规章制度，确认休息日的性质和工资计算方式。如果公司无故扣除工资，员工有权向公司提出异议或寻求法律援助。

2. 休息日为带薪休假（如年假、病假等）

   • 法律背景：根据《劳动法》和《职工带薪年休假条例》等规定，劳动者在带薪休假期间，用人单位应支付工资。如果这3天休息日是员工的带薪休假（如年假、病假等），那么员工在这3天内应享受全额工资待遇。
   • 计算公式：若员工月薪为X元，且这3天为带薪休假，则员工应得工资仍为X元（或按实际出勤天数比例计算的部分，但带薪休假期间通常按全额计算）。
   • 建议：员工应保留好相关休假证明（如年假申请单、病假证明等），以便在需要时证明自己的休假性质和工资待遇。

3. 休息日为无薪休假或事假

   • 法律背景：如果这3天休息日是员工申请的无薪休假或事假，且公司规章制度中明确规定了无薪休假或事假期间不支付工资，那么员工在这3天内可能无法获得工资。但需要注意的是，公司规章制度应合法合规，且不得违反法律法规的强制性规定。
   • 计算公式：若员工月薪为X元，当月实际工作天数为Y天（不包括无薪休假或事假天数），则员工应得工资为\(X \div 当月应出勤天数 \times Y\)。
   • 建议：员工在申请无薪休假或事假前，应仔细阅读公司规章制度，了解自己的权利和义务。如果公司规章制度存在违法违规情况，员工有权向相关部门投诉或寻求法律援助。

进一步思考：在实际操作中，员工应关注自己的劳动合同和公司规章制度中关于休息日和工资计算的具体规定。如果遇到公司无故扣除工资或违反法律法规的情况，员工应及时与公司沟通协商，或向劳动监察部门投诉举报。同时，员工也可以咨询专业律师（如我），以获取更具体的法律建议和帮助。