不可以直接通过扣发工资来执行违纪款。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律原则与规定
工资支付原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是保护劳动者基本生活需求的重要法律原则。
违纪处理与工资扣发的区别：
- 劳动者因违纪行为可能面临纪律处分，如警告、记过、降职等，但这些处分并不直接等同于可以扣发工资。除非有明确的法律规定或劳动合同中的约定，且该约定不违反法律强制性规定，否则用人单位不得随意扣发工资。
二、扣发工资的合法情形
法定扣发情形：
- 根据相关法律法规，只有在特定情况下，如劳动者给用人单位造成经济损失且需要赔偿时，用人单位才可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但即使如此，扣发的工资也不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
劳动合同或规章制度中的约定：
- 如果劳动合同或用人单位的规章制度中明确规定了因劳动者违纪可以扣发工资的具体情形和比例，且该约定不违反法律强制性规定，那么用人单位在符合条件的情况下可以扣发工资。但这种情况下的扣发也必须遵循合法、合理、公平的原则。
三、实际操作中的建议
审查劳动合同和规章制度：
- 用人单位在扣发工资前，应仔细审查劳动合同和规章制度中的相关约定，确保扣发行为有明确的法律依据或合同约定。
与劳动者协商：
- 在可能的情况下，用人单位应与劳动者进行协商，就违纪行为和可能的工资扣发达成一致意见。这有助于维护劳动关系的和谐稳定。
遵循法定程序：
- 如果用人单位决定扣发工资，必须遵循法定程序，如提前通知劳动者、说明扣发原因和依据等。同时，应确保扣发行为不违反法律强制性规定。
四、法律后果
违法扣发的法律责任：
- 如果用人单位违反法律规定或劳动合同约定扣发工资，劳动者有权向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣发的工资及可能的赔偿金。
对用人单位的影响：
- 违法扣发工资不仅可能面临法律责任，还可能对用人单位的声誉和劳动关系造成负面影响。因此，用人单位应谨慎处理工资扣发问题。
总结来看，不可以直接通过扣发工资来执行违纪款。用人单位在处理劳动者违纪行为时，应遵循法律规定和劳动合同约定，确保扣发行为的合法性和合理性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。