公共租赁住房配建协议中约定的仲裁条款，在符合法定条件时是有效的。以下是对这一问题的详细分析：
有效的仲裁条款应满足的条件
双方真实意愿：
- 双方在签订公共租赁住房配建协议时，必须自愿并明确表达将未来可能发生的合同纠纷提交仲裁解决的意愿。这意味着仲裁条款的订立不存在欺诈、胁迫或其他违背真实意愿的情况。例如，协议中应清晰表述“因本公共租赁住房配建协议产生的一切争议，提交[具体仲裁委员会]仲裁解决”。
仲裁事项的可仲裁性：
- 仲裁事项必须是法律允许通过仲裁方式解决的纠纷，且与公共租赁住房配建协议直接相关。例如，关于配建房屋的交付、质量、租金分配等合同履行过程中产生的争议，均属于可仲裁的事项。
明确的仲裁委员会：
- 协议中应明确约定具体的仲裁委员会，如“因本协议引起的或与本协议有关的任何争议，均提交[具体城市]仲裁委员会按照其仲裁规则进行仲裁”。这样的约定确保了仲裁条款的可操作性。
无效的仲裁条款情形
超出仲裁范围的约定：
- 如果约定的仲裁事项超出了法律规定的仲裁范围，如协议中约定对行政处罚决定不服提交仲裁解决，由于行政处罚属于行政纠纷，不属于平等主体之间的民事纠纷，因此该仲裁约定无效。
无明确的仲裁意思表示：
- 协议中若表述模糊，无法确定双方有将纠纷提交仲裁的明确意愿，则仲裁条款无效。例如，“双方如发生纠纷，友好协商解决，协商不成可以采取适当方式处理”这样的表述，由于“适当方式”没有明确指向仲裁，因此不能认定双方有请求仲裁的意思表示。
仲裁委员会约定不明确：
- 如果协议中仅笼统地写“发生争议提交仲裁解决”，但没有指明具体的仲裁委员会，且事后双方又不能就选定的仲裁委员会达成补充协议，那么该仲裁条款同样无效。
法律建议
- 审查仲裁条款：在签订公共租赁住房配建协议时，双方应仔细审查仲裁条款的内容，确保其符合法律法规的要求，特别是要明确仲裁事项、仲裁委员会以及双方的真实意愿。
- 咨询专业律师：如果对仲裁条款的有效性存在疑问，或者需要起草、审查仲裁条款，建议咨询专业律师，以确保自身权益得到保障。
- 保留证据：在协议履行过程中，双方应妥善保留与仲裁条款相关的证据，如协议文本、沟通记录等，以便在发生争议时能够证明自己的主张。
总结：公共租赁住房配建协议中约定的仲裁条款，在符合双方真实意愿、仲裁事项具有可仲裁性以及选定明确的仲裁委员会等条件下是有效的。如果仲裁条款存在无效情形，当事人只能通过向有管辖权的人民法院提起诉讼的方式来解决纠纷。因此，在签订协议时，双方应谨慎审查仲裁条款的内容。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。