土地房屋征收补偿协议中约定的仲裁条款，在符合法定条件的情况下是有效的。以下从多个角度为你详细分析：

仲裁条款有效的法定条件

根据《中华人民共和国仲裁法》第十六条的规定，仲裁协议应当具有下列内容：

1. 请求仲裁的意思表示：即双方当事人自愿将争议提交仲裁机构进行裁决的明确意愿。这是仲裁条款成立的首要条件，必须清晰、明确，不能存在歧义或模糊不清的情况。
2. 仲裁事项：即双方当事人约定提交仲裁的具体争议事项。在土地房屋征收补偿协议中，仲裁事项通常包括补偿金额、补偿方式、安置方案等与征收补偿相关的争议。
3. 选定的仲裁委员会：即双方当事人共同选定的解决争议的仲裁机构。仲裁委员会的选择必须明确、具体，不能仅约定“提交仲裁”而未指定具体的仲裁机构。

如果土地房屋征收补偿协议中的仲裁条款同时具备了上述三个要素，且不存在《中华人民共和国仲裁法》第十七条、第十八条规定的无效情形（如约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议、一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等），则该仲裁条款是有效的。

仲裁条款有效的法律后果

一旦土地房屋征收补偿协议中的仲裁条款被认定为有效，那么双方当事人就应当按照仲裁条款的约定，将争议提交给选定的仲裁委员会进行裁决。仲裁裁决具有终局性，对双方当事人均具有法律约束力。这意味着，一旦仲裁裁决作出，双方当事人就必须履行裁决所确定的义务，否则，另一方当事人有权向人民法院申请强制执行。

仲裁条款无效或存在争议时的处理

如果土地房屋征收补偿协议中的仲裁条款被认定为无效，或者双方当事人对仲裁条款的效力存在争议，那么双方当事人可以协商解决争议，或者向人民法院提起诉讼。在这种情况下，人民法院将依法对争议进行审理，并作出判决。

实际建议

1. 在签订土地房屋征收补偿协议时，务必仔细审查仲裁条款的内容：确保仲裁条款符合法定条件，明确、具体地约定仲裁事项和选定的仲裁委员会。
2. 如果对仲裁条款的效力存在疑问或争议：建议及时咨询专业律师，以便得到专业的法律意见和帮助。
3. 在仲裁过程中：双方当事人应当积极配合仲裁委员会的工作，提供必要的证据和材料，以便仲裁委员会能够公正、及时地作出裁决。

如果你在土地房屋征收补偿协议方面还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。